<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Jose,<br>
<br>
occupancies of any atoms that have 0 values are not normally refined in
phenix.refine. I'm not sure why they get refined in your case. Could
you please send me your PDB file before and after phenix.refine
refinement run, and also the exact command you used?<br>
<br>
Here are some details about occupancy refinement in phenix.refine:<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/documentation/refinement.htm#anch20">http://www.phenix-online.org/documentation/refinement.htm#anch20</a><br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 8/3/09 4:41 AM, Jose M Casasnovas wrote:
<blockquote cite="mid:20090803134126.4btw97299cc808sk@webmail.csic.es"
 type="cite">
  <p>Dear phenix users.</p>
  <p>I have a question regarding use of phenix.refine.&nbsp;
We recently moved from Refmac to Phenix and found out that residues
with
occupancy 0.00 were refined by phenix.refine, whereas those residues
set to q=0
in Coot were not refined in Refmac.&nbsp; How can we avoid refinement of
those
residue in phenix?&nbsp; During the refinement is quite convinient to keep
residue
with q=0, which can be included in the refinement upon map
improvement.</p>
  <p><br>
Thanks so much.</p>
  <p>Jose M Casasnovas</p>
  <br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>