<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi everyone <br>I'm running a refinement in phenix.refine. I'm now trying to ad two subtrates AMP and RP5. The phenix.refine&nbsp; seams&nbsp; to reconise  AMP but not the RP5 molecules. It seams as if this molecules is well known for the program&nbsp;  (phenix-1.4-3/ext_ref_files/chemical_components/r/data_RP5.cif).<br>In my PDB file the two molecules are described like this:<br>... <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; C6&nbsp; AMP A 301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.852&nbsp; 19.986&nbsp; 36.427&nbsp; 1.00 22.32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; N6&nbsp; AMP A 301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.448&nbsp; 19.736&nbsp; 37.693&nbsp; 1.00 24.44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; N7&nbsp; AMP A 301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.400&nbsp; 17.540&nbsp; 35.616&nbsp; 1.00 23.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; C8&nbsp; AMP A 301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.853&nbsp; 17.097&nbsp; 34.416&nbsp; 1.00 21.98&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; N9&nbsp; AMP A 301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.034&nbsp; 18.126&nbsp; 33.560&nbsp; 1.00 19.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; P'&nbsp; RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.291&nbsp; 24.910&nbsp; 31.815&nbsp; 0.25 10.66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C5' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.348&nbsp; 25.416&nbsp; 30.301&nbsp; 0.25 14.76&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; O5' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31.481&nbsp; 24.448&nbsp; 30.868&nbsp; 0.25 12.67&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C4' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.260&nbsp; 24.753&nbsp; 29.307&nbsp; 0.25 15.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C3' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.017&nbsp; 25.227&nbsp; 27.872&nbsp; 0.25 15.17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; O3' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.951&nbsp; 26.264&nbsp; 27.522&nbsp; 0.25 14.15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; C2' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.282&nbsp; 23.935&nbsp; 27.083&nbsp; 0.25 16.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; O2' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.571&nbsp; 23.963&nbsp; 26.478&nbsp; 0.25 13.68&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; C1' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.351&nbsp; 22.848&nbsp; 28.160&nbsp; 0.25 16.92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; O1' RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.775&nbsp; 23.415&nbsp; 29.296&nbsp; 0.25 16.62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; O1&nbsp; RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.631&nbsp; 21.639&nbsp; 27.867&nbsp; 0.25 20.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; O1X RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.112&nbsp; 25.373&nbsp; 30.809&nbsp; 0.25 10.53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; O2X RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.912&nbsp; 23.844&nbsp; 32.781&nbsp; 0.25 10.59&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>HETATM&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; O3X RP5 A 302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.793&nbsp; 26.258&nbsp; 32.567&nbsp; 0.25&nbsp; 9.63&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; MET B&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.305&nbsp;&nbsp; 2.511&nbsp; 45.667&nbsp; 1.00 64.80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CA&nbsp; MET B&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62.528&nbsp;&nbsp; 3.463&nbsp; 46.463&nbsp; 1.00 68.29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C&nbsp;&nbsp; MET B&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62.555&nbsp;&nbsp; 4.863&nbsp; 45.882&nbsp; 1.00 65.73&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O&nbsp;&nbsp; MET B&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.607&nbsp;&nbsp; 5.325&nbsp; 45.446&nbsp; 1.00 64.47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; B <br>...<br><br>I have tried with phenix.elbow as well but didn't work...<br><br>Please help...<br><br>Rune<br><br><br><br /><hr />check out the rest of the Windows Live™.
More than mail–Windows Live™ goes way beyond your inbox.
 <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/' target='_new'>More than messages</a></body>
</html>