<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Francis,<div><br></div><div>You can say:</div><div><br></div><div>phenix.autosol native.data=native.sca deriv.data=deriv.sca</div><div><br></div><div>&nbsp;and wait a couple minutes until it has scaled the data (once it says "RUNNING HYSS" you are far enough)&nbsp;</div><div>and then have a look at&nbsp;</div><div><br></div><div>AutoSol_run_1_/TEMP0/dataset_1_scale.log</div><div><br></div><div>which will say near the end..</div><div><br></div><div><br></div><div><div>&nbsp;isomorphous differences derivs &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;- native</div><div><br></div><div><br></div><div>&nbsp;Differences by shell:</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp;shell &nbsp; dmin &nbsp; &nbsp;nobs &nbsp; &nbsp; &nbsp;Fbar &nbsp; &nbsp; &nbsp;R &nbsp; &nbsp; scale &nbsp; &nbsp;SIGNAL &nbsp;NOISE &nbsp; S/N</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; 5.000 &nbsp; 137 &nbsp; &nbsp; &nbsp;29.235 &nbsp; &nbsp; 0.007 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.46 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;2 &nbsp; &nbsp; 3.750 &nbsp; 201 &nbsp; &nbsp; &nbsp;20.277 &nbsp; &nbsp; 0.011 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.09 &nbsp; 0.31 &nbsp; 0.31</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; 3.500 &nbsp; &nbsp;69 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.565 &nbsp; &nbsp; 0.010 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.25 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; 3.312 &nbsp; &nbsp;80 &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.804 &nbsp; &nbsp; 0.009 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.23 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp; 3.125 &nbsp; &nbsp;78 &nbsp; &nbsp; &nbsp;14.174 &nbsp; &nbsp; 0.008 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.23 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;6 &nbsp; &nbsp; 3.000 &nbsp; &nbsp;81 &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.567 &nbsp; &nbsp; 0.010 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.20 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;7 &nbsp; &nbsp; 2.875 &nbsp; &nbsp;88 &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.677 &nbsp; &nbsp; 0.009 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.19 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; 2.750 &nbsp; &nbsp;94 &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.249 &nbsp; &nbsp; 0.012 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.09 &nbsp; 0.18 &nbsp; 0.47</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;9 &nbsp; &nbsp; 2.625 &nbsp; 136 &nbsp; &nbsp; &nbsp;11.555 &nbsp; &nbsp; 0.011 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.19 &nbsp; 0.00</div><div>&nbsp;&nbsp; 10 &nbsp; &nbsp; 2.500 &nbsp; 126 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9.975 &nbsp; &nbsp; 0.011 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.17 &nbsp; 0.00</div><div><br></div><div>&nbsp;Total: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1090 &nbsp; &nbsp; &nbsp;16.085 &nbsp; &nbsp; 0.010 &nbsp; 1.000 &nbsp; 0.00 &nbsp; 0.27 &nbsp; 0.10</div><div><br></div><div>(which in this particular case are not useful!)</div><div>Here R is &lt;Fderiv-Fnative>/(2 &lt;Fderiv+Fnative>), noise is &lt;sigma>,&nbsp;</div><div>signal is sqrt(&lt;(Fderiv-Fnative)**2>-&lt;sigma**2>), and S/N is the ratio of signal to noise.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div></div><div><br><div><div>On Aug 12, 2009, at 11:47 AM, Peter Zwart wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>I suggest using some phenix.solve utilities.<br><br>xtriage isn't geared towards isomorphous diferences.<br><br>Cheers<br><br>Peter<br><br>2009/8/12, Francis E Reyes &lt;<a href="mailto:Francis.Reyes@colorado.edu">Francis.Reyes@colorado.edu</a>>:<br><blockquote type="cite">Hi all<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> I love the fact that xtriage can measure anomalous signal, but can it<br></blockquote><blockquote type="cite"> also do a quick check for isomorphous differences (with and without<br></blockquote><blockquote type="cite"> anomalous signal) similar to scalepack? Is there a phenix utility that<br></blockquote><blockquote type="cite"> can do this?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> Thanks<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> FR<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> ---------------------------------------------<br></blockquote><blockquote type="cite"> Francis Reyes M.Sc.<br></blockquote><blockquote type="cite"> 215 UCB<br></blockquote><blockquote type="cite"> University of Colorado at Boulder<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> gpg --keyserver pgp.mit.edu --recv-keys 67BA8D5D<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> 8AE2 F2F4 90F7 9640 28BC &nbsp;686F 78FD 6669 67BA 8D5D<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"> _______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite"> phenixbb mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br></blockquote><blockquote type="cite"> <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><br><br>-- <br>-----------------------------------------------------------------<br>P.H. Zwart<br>Beamline Scientist<br>Berkeley Center for Structural Biology<br>Lawrence Berkeley National Laboratories<br>1 Cyclotron Road, Berkeley, CA-94703, USA<br>Cell: 510 289 9246<br>BCSB: &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://bcsb.als.lbl.gov">http://bcsb.als.lbl.gov</a><br>PHENIX: <a href="http://www.phenix-online.org">http://www.phenix-online.org</a><br>CCTBX: &nbsp;<a href="http://cctbx.sf.net">http://cctbx.sf.net</a><br>-----------------------------------------------------------------<br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></body></html>