<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Tim,<div><br><div>I am sorry for the trouble! &nbsp;I have not seen this particular error before, but it is coming from AutoBuild running a sub-process with the command</div><div><br></div><div>csh /AutoBuild_run_3_/TEMP0/RUN_FILE_1</div><div><br></div><div>Can you possibly update to a recent "nightly build" version of PHENIX, as this may have fixed the problem? &nbsp;You can get a nightly build from the download page of PHENIX at <a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a>. &nbsp;We update PHENIX daily and so your 1.4-3 version is now quite out of date.</div><div><br></div><div>If that does not do it, can you send me the contents of the file listed above? &nbsp;I am puzzled by the word "sort" as there shouldn't be any sorting there at all...</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br><div><div>On Aug 18, 2009, at 9:31 AM, Timothy C. Umland wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><br>I am new to running the AutoMR and AutoBuild Wizards, and I am having a<br>problem getting AutoBuild to run.<br><br>I have run AutoMR and it appeared to run fine, yielding a solution. However,<br>when it did the default hand-off of the MR solution to AutoBuild, AutoBuild<br>crashed. I then tried to run AutoBuild by itself, using the MR solution as<br>the input model. Again, AutoBuild crashed.<br><br>The error was the same in both cases. I was running AutoMR and AutoBuild<br>from the command line. I am running Phenix version 1.4-3 on an Intel Mac (OS<br>X 10.5.8).<br><br>The AutoBuild error was<br><br><br>****************************************************************************<br>****<br>Failed to carry out AutoBuild_build_cycle:<br><br>child process stderr output:<br> &nbsp;command: 'csh /AutoBuild_run_3_/TEMP0/RUN_FILE_1'<br> &nbsp;sort: invalid option -- 4<br> &nbsp;Try `sort --help' for more information.<br>****************************************************************************<br>****<br><br><br>I tried the suggested "sort --help", but at least to me it wasn't helpful. I<br>am guessing that I have some incompatibility with my local installation of<br>"sort" and Phenix? Any help is appreciated.<br><br><br>Thanks,<br><br>Tim<br><br><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></div></body></html>