<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Terry,<br>
<br>
to make sure it is recognized, look for something like this in the
output phenix.refine .log file:<br>
<br>
<font face="Courier New, Courier, monospace">&nbsp; Number of scattering
types: 5<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type Number&nbsp;&nbsp;&nbsp; sf(0)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Au&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.96<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 395&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 193&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.<br>
<br>
</font>Please let me know if you have questions.<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 8/24/09 7:29 PM, Terry Lang wrote:
<blockquote cite="mid:4A934C76.60308@lego.berkeley.edu" type="cite">
  <pre wrap="">Hey Everyone,

       I am working on an xray structure that contains a ruthenium.  I 
have been able to use elbow to create a cif file that phenix can read 
and refine without throwing error messages.  However, there is a large 
amount of positive electron density after the refinement.  I am looking 
into modeling coordinate waters, but I first wanted to check that the 
ruthenium is being read correctly by phenix.  How do I figure out if it 
is properly recognized (eg correct scattering factors, bond and angle 
restraints, etc)?

Thanks,
Terry

  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>