Thanks for everyone&#39;s help!  I got the refinement working in version 1.4-125 and am all set.<br>-Sam<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 25, 2009 at 4:19 PM, Ben Eisenbraun <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bene@crystal.harvard.edu">bene@crystal.harvard.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">There&#39;s version 1.4-125 in the SBGrid software tree.  Did you try it?  Is<br>
that version too old?<br>
<br>
You should ask Katya to update her user list.  You&#39;re not in our database.<br>
<br>
-ben<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Tue, Aug 25, 2009 at 04:13:44PM -0400, Sam Stampfer wrote:<br>
&gt; I couldn&#39;t get the source code to compile- the final message was: &quot;error:<br>
&gt; configuration step incomplete, exiting&quot;.  Any ideas?<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; -Sam<br>
&gt;<br>
&gt; [A copy of my problem is pasted here]:<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m running the latest complete version of phenix (version 1.4-147, on Linux<br>
&gt; 2.6-x86 64).  When I run my .csh file I get the following error (with the 4<br>
&gt; previous lines included):<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/bin/python(PyDict_SetItem+0x1fd)<br>
&gt; [0x446bdd]<br>
&gt;<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/bin/python<br>
&gt; [0x4396e4]<br>
&gt;<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/bin/python<br>
&gt; [0x4470a9]<br>
&gt;   /lib64/libc.so.6 [0x30fca322a0]<br>
&gt; Segmentation fault (Python and libc call stacks above)<br>
&gt;                 This crash may be due to a problem in any imported<br>
&gt;                 Python module, including modules which are not part<br>
&gt;                 of the cctbx project. To disable the traps leading<br>
&gt;                 to this message, define these environment variables<br>
&gt;                 (e.g. assign the value 1):<br>
&gt;                     BOOST_ADAPTBX_FPE_DEFAULT<br>
&gt;                     BOOST_ADAPTBX_SIGNALS_DEFAULT<br>
&gt;                 This will NOT solve the problem, just mask it, but<br>
&gt;                 may allow you to proceed in case it is not critical.<br>
&gt;<br>
&gt; When I type the command &quot;setenv BOOST_ADAPTBX_FPE_DEFAULT 1&quot; and then run my<br>
&gt; .csh file, it runs for a slightly longer period of time before ending with a<br>
&gt; different error:<br>
&gt;<br>
&gt; 311240e000-3112410000 rw-p 0000e000 fd:00 14237822<br>
&gt; /lib64/libbz2.so.1.0.4<br>
&gt; 2ad973412000-2ad973414000 rw-p 2ad973412000 00:00 0<br>
&gt; 2ad973429000-2ad97346d000 rw-p 2ad973429000 00:00 0<br>
&gt; 2ad97346e000-2ad9734af000 rw-p 2ad97346e000 00:00 0<br>
&gt; 2ad9734e1000-2ad973563000 rw-p 2ad9734e1000 00:00 0<br>
&gt; 2ad973563000-2ad973567000 r-xp 00000000 fd:00 5727920<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.6/lib-dynload/time.so<br>
&gt; 2ad973567000-2ad973666000 ---p 00004000 fd:00 5727920<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.6/lib-dynload/time.so<br>
&gt; 2ad973666000-2ad973668000 rw-p 00003000 fd:00 5727920<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.6/lib-dynload/time.so<br>
&gt; 2ad973668000-2ad97366d000 r-xp 00000000 fd:00 5727941<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lib/python2.6/lib-dynload/select.so<br>
&gt; 2ad97366d000-2ad97376c000 ---p 00005000 fd:00 5727941<br>
&gt; /usr/local/phenix/phenix-1.4-147/build/intel-linux-2.6-x86_64/base/lAbort<br>
&gt;<br>
&gt; However, the file ran fine and successfully output an improved .pdb file<br>
&gt; without any BOOST-related problems on my PI&#39;s Mac- she is running version 95<br>
&gt; of Phenix (which I was unable to obtain for linux- is it available<br>
&gt; somewhere?)<br>
&gt;<br>
&gt; Can you help me with this?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks!<br>
&gt;<br>
&gt; -Sam<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Aug 25, 2009 at 3:28 PM, Ralf W. Grosse-Kunstleve<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:rwgk@cci.lbl.gov">rwgk@cci.lbl.gov</a>&gt;wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Could you try with a source installation?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; <a href="https://www.phenix-online.org/download/phenix/nightly/?version=1.4-147&amp;show_source=1" target="_blank">https://www.phenix-online.org/download/phenix/nightly/?version=1.4-147&amp;show_source=1</a><br>

&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; I recommend you rm -rf the binary installation before ./install from<br>
&gt; &gt; sources.<br>
&gt; &gt; Add<br>
&gt; &gt;  --nproc=N<br>
&gt; &gt; to the ./install command to use all N cpus in your machine for the<br>
&gt; &gt; installation.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Let me know if the problem persists.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Ralf<br>
&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt; &gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; &gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; &gt; <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
<br>
<br>
</div></div><font color="#888888">--<br>
| Ben Eisenbraun                              | Tools Sysadmin         |<br>
| Structural Biology Grid                     | <a href="http://sbgrid.org" target="_blank">http://sbgrid.org</a>      |<br>
| Harvard Medical School                      | <a href="http://hms.harvard.edu" target="_blank">http://hms.harvard.edu</a> |<br>
<br>
</font></blockquote></div><br>