<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Qun Wan,<br>
<br>
Alternatively, you can ask phenix.refine to compute Average Kick Map,
which is expected to be less biased or less noisy. For more details
about kick map, see recent publication:<br>
<br>
Acta Cryst. (2009). D65, 921-931.<br>
<br>
Please let me know if you have questions.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 8/28/09 7:52 AM, crystallogrphy wrote:
<blockquote
 cite="mid:33fd30c80908280752q468277deidd9ed31e65f392c0@mail.gmail.com"
 type="cite">Hi, <br>
I am using molecular replacement to build a model against a 2.2A
resolution data set. However, the template model only has 23% sequence
identity. First, I use chainsaw in CCP4i to prune all side chain to be
poly-Ala except the identical residues. Then I use AutoMR and rigid
body refinement, I got Rfree=50%. The continuous electron density is
not bad showing second structures. However, the model has some
out-of-registration problem, for example, two proline are in a
alpha-helix. In other words, it has model bias. I want to use composite
SA-omit to get a less model bias map, not a simple composite omit map
or a SA_omit map ommiting a part of the region. <br>
Does someone know who to do this?<br>
  <br>
Thanks!<br>
  <br>
Qun Wan<br>
postdoc fellow <br>
Case Western Reserve University<br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>