<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Ulrich,<br>
<br>
in your parameter file just add another map scope to the
electron_density_maps scope, like this:<br>
<br>
<font face="Courier New, Courier, monospace">&nbsp; electron_density_maps {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; map {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mtz_label_amplitudes = "2FOFCWT_kick"<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mtz_label_phases = "PH2FOFCWT_kick"<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; likelihood_weighted = True<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; obs_factor = 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calc_factor = 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; kicked = True<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fill_missing_f_obs_with_weighted_f_model = False<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; map {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mtz_label_amplitudes = "FOFCWT_kick"<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mtz_label_phases = "PHFOFCWT_kick"<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; likelihood_weighted = True<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; obs_factor = 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calc_factor = 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; kicked = True<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fill_missing_f_obs_with_weighted_f_model = False<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>
}<br>
</font><br>
This will create two additional kick maps in addition to the default
maps.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
<br>
On 8/28/09 9:53 AM, Ulrich Baumann wrote:
<blockquote cite="mid:B57912AA44EC4229A124FB6203A25A92@unibe.ch"
 type="cite">
  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=ISO-8859-1">
  <meta content="MSHTML 6.00.6000.16890" name="GENERATOR">
  <style></style>
  <div><font face="Arial" size="2">Pavel, how can I specify the request
for averaged Kick Maps on the command line , please?</font></div>
  <div>&nbsp;</div>
  <div><font face="Arial" size="2">Cheers,</font></div>
  <div><font face="Arial" size="2">Uli</font></div>
  <blockquote
 style="border-left: 2px solid rgb(0, 0, 0); padding-right: 0px; padding-left: 5px; margin-left: 5px; margin-right: 0px;">
    <div
 style="font-family: arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">-----
Original Message ----- </div>
    <div
 style="background: rgb(228, 228, 228) none repeat scroll 0%; -moz-background-clip: -moz-initial; -moz-background-origin: -moz-initial; -moz-background-inline-policy: -moz-initial; font-family: arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><b>From:</b>
    <a moz-do-not-send="true" title="PAfonine@lbl.gov"
 href="mailto:PAfonine@lbl.gov">Pavel Afonine</a> </div>
    <div
 style="font-family: arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><b>To:</b>
    <a moz-do-not-send="true" title="qunwan1@gmail.com"
 href="mailto:qunwan1@gmail.com">qunwan1@gmail.com</a> ; <a
 moz-do-not-send="true" title="phenixbb@phenix-online.org"
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">PHENIX user mailing list</a> </div>
    <div
 style="font-family: arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><b>Sent:</b>
Friday, August 28, 2009 6:31 PM</div>
    <div
 style="font-family: arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 10pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><b>Subject:</b>
Re: [phenixbb] question about composite SA_omit map in phenix</div>
    <div><br>
    </div>
Hi Qun Wan,<br>
    <br>
Alternatively, you can ask phenix.refine to compute Average Kick Map,
which is expected to be less biased or less noisy. For more details
about kick map, see recent publication:<br>
    <br>
Acta Cryst. (2009). D65, 921-931.<br>
    <br>
Please let me know if you have questions.<br>
    <br>
Pavel.<br>
    <br>
    <br>
On 8/28/09 7:52 AM, crystallogrphy wrote:
    <blockquote
 cite="mid:33fd30c80908280752q468277deidd9ed31e65f392c0@mail.gmail.com"
 type="cite">Hi, <br>
I am using molecular replacement to build a model against a 2.2A
resolution data set. However, the template model only has 23% sequence
identity. First, I use chainsaw in CCP4i to prune all side chain to be
poly-Ala except the identical residues. Then I use AutoMR and rigid
body refinement, I got Rfree=50%. The continuous electron density is
not bad showing second structures. However, the model has some
out-of-registration problem, for example, two proline are in a
alpha-helix. In other words, it has model bias. I want to use composite
SA-omit to get a less model bias map, not a simple composite omit map
or a SA_omit map ommiting a part of the region. <br>
Does someone know who to do this?<br>
      <br>
Thanks!<br>
      <br>
Qun Wan<br>
postdoc fellow <br>
Case Western Reserve University<br>
      <pre wrap=""><hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
 href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
    </blockquote>
    <p> </p>
    <hr> _______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
  </blockquote>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>