<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Sam,<br>
<br>
to help with questions like yours, recently we have developed and
implemented in PHENIX a new tool called POLYGON. See <br>
Acta Cryst. (2009). D65, 297-300<br>
for details.<br>
<br>
<blockquote
 cite="mid:80e4ac3c0909010818j55e34b6al9f769f92b0fbc00c@mail.gmail.com"
 type="cite">I'm refining a 2.88
Angstrom structure and am getting a difference of greater than 6%
between the R-work and R-free. <br>
</blockquote>
(...)<br>
<small><font face="Courier New, Courier, monospace"></font></small>
<blockquote
 cite="mid:80e4ac3c0909010818j55e34b6al9f769f92b0fbc00c@mail.gmail.com"
 type="cite"> The best result (I think) is what I
have from minimization alone:<br>
  <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; ">
  <title></title>
  <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Unix)">
  <style type="text/css">
        <!--
                @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }</style>Final
R-work =
0.2411, R-free = 0.3176</blockquote>
<br>
Here is the distribution of Rwork and Rfree for "all" structures in PDB
refined at resolutions between 2.78 and 2.98A, that is similar to
yours, and "&lt;&lt;&lt;" indicates where your "best result" is
standing with respect to this distribution:<br>
<br>
<small><font face="Courier New, Courier, monospace">r_work_pdb
data_points=1411 min/max/mean= 0.1860 0.2870 0.2252<br>
&nbsp; 0.1860&nbsp;&nbsp; 0.1961 121<br>
&nbsp; 0.1961&nbsp;&nbsp; 0.2062 190<br>
&nbsp; 0.2062&nbsp;&nbsp; 0.2163 207<br>
&nbsp; 0.2163&nbsp;&nbsp; 0.2264 233<br>
&nbsp; 0.2264&nbsp;&nbsp; 0.2365 249<br>
&nbsp; 0.2365&nbsp;&nbsp; 0.2466 175 &lt;&lt;&lt; your structure<br>
&nbsp; 0.2466&nbsp;&nbsp; 0.2567 109<br>
&nbsp; 0.2567&nbsp;&nbsp; 0.2668 67<br>
&nbsp; 0.2668&nbsp;&nbsp; 0.2769 42<br>
&nbsp; 0.2769&nbsp;&nbsp; 0.2870 18<br>
<br>
r_free_pdb data_points=1411 min/max/mean= 0.1940 0.3400 0.2744<br>
&nbsp; 0.1940&nbsp;&nbsp; 0.2086 4<br>
&nbsp; 0.2086&nbsp;&nbsp; 0.2232 28<br>
&nbsp; 0.2232&nbsp;&nbsp; 0.2378 73<br>
&nbsp; 0.2378&nbsp;&nbsp; 0.2524 163<br>
&nbsp; 0.2524&nbsp;&nbsp; 0.2670 234<br>
&nbsp; 0.2670&nbsp;&nbsp; 0.2816 363<br>
&nbsp; 0.2816&nbsp;&nbsp; 0.2962 298<br>
&nbsp; 0.2962&nbsp;&nbsp; 0.3108 149<br>
&nbsp; 0.3108&nbsp;&nbsp; 0.3254 71&nbsp; </font></small><small><font
 face="Courier New, Courier, monospace">&lt;&lt;&lt; your structure</font></small><br>
<small><font face="Courier New, Courier, monospace">&nbsp; 0.3254&nbsp;&nbsp; 0.3400 28</font></small><br>
<br>
It seems like your Rwork is reasonably good, and although there are
more than 100 models with similar or worse Rfree, I believe you can
push it below 30%. <br>
<br>
Things to try:<br>
<br>
- TLS. Use TLSMD to define TLS groups.<br>
- Use "optimize_wxc=true optimize_wxu=true" keywords. This may take
longer to run.<br>
- Although 2.88A is pretty low for automatic water picking, I would
still give it a try.<br>
- Torsion angle dynamics.<br>
- Try the four above with and without NCS. Let phenix.refine
automatically defined NCS groups, but manually check is the automatic
choice makes sense.<br>
<br>
Once done with trying and obtained the best result, use the following
tools for validations:<br>
<br>
phenix.real_space_correlation<br>
phenix.polygon<br>
phenix.model_vs_data<br>
<br>
or phenix.validation<br>
where the three above are included along with the cool things from
Molprobity team. You need a recent version of PHENIX for this with the
new GUI:<br>
http://www.phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi<br>
<br>
Please let me know if you have any questions!<br>
<br>
<blockquote
 cite="mid:80e4ac3c0909010818j55e34b6al9f769f92b0fbc00c@mail.gmail.com"
 type="cite">
  <p style="margin-bottom: 0in; margin-left: 40px;"> </p>
The results from simulated annealing are the following:<br>
  <p style="margin-bottom: 0in; margin-left: 40px;">Final R-work =
0.2403, R-free = 0.3333</p>
</blockquote>
<br>
Yes, both Rfree and Rfree-Rwork seem pretty large.<br>
<br>
<blockquote
 cite="mid:80e4ac3c0909010818j55e34b6al9f769f92b0fbc00c@mail.gmail.com"
 type="cite">I have also done the refinement with ncs but ncs is
probably not appropriate for my structure.&nbsp; The final R-free ends up
being higher (though the difference between R-free and R-work ends up
being 6-7%)<br>
</blockquote>
<br>
This may indicate that the NCS groups were not optimal or TLS is needed
to NCS-restrain only residual B-factors, or you need to optimize the
weights (see above).<br>
<br>
Once again, please let me know if you have any questions.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
</body>
</html>