Hi, <br>I want to use phenix to refine a model right after autobuild with the following script:<br>phenix.refine xray_data.file_name=exptl_<div id=":3b" class="ii gt">fobs_phases_freeR_flags.mtz overall_best-090903a.pdb strategy=rigid_body+individual_sites simulated_annealing=true simulated_annealing.start_temperature=8000 sites.rigid_body=&quot;chain A&quot; sites.rigid_body=&quot;chain B&quot;<br>

<br>However, the program says &quot;<br>F-obs:<br>  exptl_fobs_phases_freeR_flags.mtz:FP,SIGFP<br><br>If previously used R-free flags are available run this command again<br>with the name of the file containing the original flags as an<br>

additional input. If the structure was never refined before, or if the<br>original R-free flags are unrecoverable, run this command again with<br>the additional definition:<br><br>refinement.input.xray_data.r_free_flags.generate=True<br>

<br><br>when I use phenix.mtz.dump exptl_fobs_phases_freeR_flags.mtz, it indicates that it has FreeR_flag=1. Can anyone tell me why there is FreeR_flag in my data, while the refinement program does not recognize it?<br>  label      #valid  %valid    min    max type<br>

    H           35619 100.00%   0.00  22.00 H: index h,k,l<br>    K           35619 100.00%   0.00  45.00 H: index h,k,l<br>    L           35619 100.00% -33.00  33.00 H: index h,k,l<br>    FP          35619 100.00%   0.00 114.22 F: amplitude<br>

    SIGFP       35619 100.00%   0.15   6.13 Q: standard deviation<br>    PHIM        35619 100.00%   0.00   0.00 P: phase angle in degrees<br>    FOMM        35619 100.00%   0.00   0.00 W: weight (of some sort)<br>    FreeR_flag  35619 100.00%   0.00   1.00 I: integer<br>

    FC          35619 100.00%   0.00   0.00 F: amplitude</div><br>