<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Re: [phenixbb] SA omit map</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<FONT FACE="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:12.0px'>I got an error in my refinement when I added the map scope below to my refinement parameters file:<BR>
<BR>
Traceback (most recent call last):<BR>
&nbsp;&nbsp;File &quot;/usr/local/phenix-1.4-3/phenix/phenix/command_line/refine.py&quot;, line 9, in &lt;module&gt;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;command_line.run(command_name=&quot;phenix.refine&quot;, args=sys.argv[1:])<BR>
&nbsp;&nbsp;File &quot;/usr/local/phenix-1.4-3/phenix/phenix/refinement/command_line.py&quot;, line 86, in run<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map_manger = refine_object.open_map_files()<BR>
&nbsp;&nbsp;File &quot;/usr/local/phenix-1.4-3/phenix/phenix/refinement/driver.py&quot;, line 949, in open_map_files<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;return map_manager(refine_object=self)<BR>
&nbsp;&nbsp;File &quot;/usr/local/phenix-1.4-3/phenix/phenix/refinement/driver.py&quot;, line 1151, in __init__<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;self.map_type_labels.append(self.map_to_str(emap))<BR>
&nbsp;&nbsp;File &quot;/usr/local/phenix-1.4-3/phenix/phenix/refinement/driver.py&quot;, line 1177, in map_to_str<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;if(abs(emap.obs_factor-int(emap.obs_factor))&gt;1.e-4):<BR>
TypeError: int() argument must be a string or a number, not 'NoneType'<BR>
<BR>
<BR>
Any suggestions? I&#8217;m still learning the syntax, so I wonder if I missed something? My parameters are listed below. <BR>
<BR>
Best Regards,<BR>
Kendall Nettles <BR>
<BR>
<BR>
</SPAN><FONT SIZE="2"><SPAN STYLE='font-size:10.0px'>refinement.main {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ordered_solvent=true<BR>
}<BR>
refinement.refine {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;strategy = *individual_sites \<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;rigid_body \<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;*individual_adp \<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group_adp \<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls \<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;*occupancies \<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group_anomalous &nbsp;&nbsp;&nbsp;\<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;none<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;adp {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;individual {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;isotropic = All<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;anisotropic = None<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}}}<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
refinement.ncs {<BR>
find_automatically = False<BR>
excessive_distance_limit=3<BR>
restraint_group {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;reference = chain A and (resid 306:329 or resid 332:461 or resid 465:526 or resid 533:546 ) &nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;selection = chain B and (resid 306:329 or resid 332:461 or resid 465:526 or resid 533:546 )<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
}<BR>
<BR>
restraint_group {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;reference = chain C and (resid 306:329 or resid 332:461 or resid 471:526 or resid 533:546 ) &nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;selection = chain D and (resid 306:329 or resid 332:461 or resid 471:526 or resid 533:546 )<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}<BR>
}<BR>
&nbsp;<BR>
refinement{ &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
&nbsp;electron_density_maps {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map_format = *xplor<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map_coefficients_format = *mtz phs<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;suppress = None<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_amplitudes = &quot;2FOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_phases = &quot;PH2FOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;likelihood_weighted = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;obs_factor = 2<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;calc_factor = 1<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kicked = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fill_missing_f_obs_with_weighted_f_model = False<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_amplitudes = &quot;FOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_phases = &quot;PHFOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;likelihood_weighted = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;obs_factor = 1<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;calc_factor = 1<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kicked = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fill_missing_f_obs_with_weighted_f_model = False<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}}<BR>
</SPAN></FONT><SPAN STYLE='font-size:12.0px'><BR>
<BR>
<BR>
On 9/10/09 11:52 PM, &quot;Thomas C. Terwilliger&quot; &lt;terwilliger@lanl.gov&gt; wrote:<BR>
<BR>
</SPAN></FONT><BLOCKQUOTE><FONT FACE="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:12.0px'>Hi Pascal,<BR>
<BR>
I think that if you are only concerned about one ligand then there are<BR>
four overall options. &nbsp;The first, going back before you added the ligand,<BR>
is likely to be the least biased, then the iterative-build omit, then the<BR>
SA-omit and kicked maps. The iterative-build omit map is probably the best<BR>
way to get rid of bias once it has been introduced, but it is also very<BR>
computationally intensive.<BR>
<BR>
As you are only interested in the ligand, you probably do not need to do a<BR>
composite map, saving you a lot of time.<BR>
<BR>
So the options are:<BR>
<BR>
1. You can go back to the structure you had just prior to adding that<BR>
ligand, and simply refine that structure and look carefully at the maps.<BR>
As the structure has never seen the ligand, you have no worries about bias<BR>
at all in that map. &nbsp;Of course that map may be from a much earlier stage,<BR>
so it may not be so clear either...leading to the other options of..<BR>
<BR>
2. Take your current structure and run an SA-omit map or an<BR>
iterative-build omit map, omitting around a PDB file that you create that<BR>
contains only the ligand.<BR>
<BR>
3. Or, pretty much equivalent to #2, &nbsp;you can remove your ligand from the<BR>
structure and just do a run of SA or rebuild-in-place and calculate a map,<BR>
<BR>
4. Or you can calculate a kicked map. For the kicked map, quoting Pavel<BR>
Afonine:<BR>
<BR>
in your parameter file just add another map scope to the<BR>
electron_density_maps scope, like this:<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;electron_density_maps {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_amplitudes = &quot;2FOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_phases = &quot;PH2FOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;likelihood_weighted = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;obs_factor = 2<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;calc_factor = 1<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kicked = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fill_missing_f_obs_with_weighted_f_model = False<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;map {<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_amplitudes = &quot;FOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mtz_label_phases = &quot;PHFOFCWT_kick&quot;<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;likelihood_weighted = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;obs_factor = 1<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;calc_factor = 1<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;kicked = True<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fill_missing_f_obs_with_weighted_f_model = False<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}<BR>
}<BR>
<BR>
This will create two additional kick maps in addition to the default maps.<BR>
<BR>
All the best,<BR>
Tom T<BR>
<BR>
<BR>
&nbsp;, &gt;&gt; Dear All,I have a theoretical/practical question about omit maps and<BR>
&gt;&gt; refinement.<BR>
&gt;&gt; I am completing the refinement (in Phenix) of a protein-ligand complex at<BR>
&gt;&gt; 1.3A resolution. I solved it by MR and automatic rebuilding of the protein<BR>
&gt;&gt; alone first then built in the ligand. Rfree and Rfac are 19.4%/18.2% after<BR>
&gt;&gt; TLS and water-picking in Phenix. The model includes everything protein,<BR>
&gt;&gt; water, ligand and some ions.<BR>
&gt;&gt; However I have some slight doubts one region in my ligand.<BR>
&gt;&gt; What would be the best map, less biased, to look at this &quot;very late&quot; stage<BR>
&gt;&gt; of the refinement. Are &nbsp;composite or systematic SA omit map useful options<BR>
&gt;&gt; at this stage ?<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Thanks a lot in advance<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt; Pascal F. Egea, PhD<BR>
&gt;&gt; Assistant Professor<BR>
&gt;&gt; UCLA, David Geffen School of Medicine<BR>
&gt;&gt; Department of Biological Chemistry<BR>
&gt;&gt; 314 Biomedical Sciences Research Building<BR>
&gt;&gt; office (310)-825-1013<BR>
&gt;&gt; lab (310)-825-8722<BR>
&gt;&gt; email pegea@mednet.ucla.edu<BR>
&gt;&gt; _______________________________________________<BR>
&gt;&gt; phenixbb mailing list<BR>
&gt;&gt; phenixbb@phenix-online.org<BR>
&gt;&gt; <a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><BR>
&gt;&gt;<BR>
<BR>
_______________________________________________<BR>
phenixbb mailing list<BR>
phenixbb@phenix-online.org<BR>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><BR>
<BR>
</SPAN></FONT></BLOCKQUOTE><FONT FACE="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:12.0px'><BR>
</SPAN></FONT>
</BODY>
</HTML>