<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi George, hi Ben,<br>
<br>
on a further thought... I think I have a work-around, may be not
perfect but... <br>
<br>
By default phenix.refine refines occupancies of atoms in alternative
conformation (those having non-blanc altLoc identifiers in input PDB
file), and those that have partial non-zero occupancies (for example,
partially occupied ions, etc.).&nbsp; I think this is where the "max=4"
assertion fires if you have more than 4 alternative conformations.<br>
<br>
Now, say you have 16 models and you don't want to refine their
occupancies (you can't anyway because of current "max=4" limit), then
all you need to do is to set occupancies for each model to 1./16 or to
whatever you like (make sure they add up to 1.; you can do it
automatically using phenix.pdbtools) and turn OFF occupancy refinement:<br>
<br>
phenix.refine model.pdb data.hkl
strategy=individual_sites+individual_adp<br>
<br>
I hope this will work just fine. <br>
<br>
Please let me know if you have any questions or need any help with
this. If you send me data/model files, I can make an example for you.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 9/15/09 11:05 AM, George Phillips wrote:
<blockquote
 cite="mid:9EEA63BB-1D47-4409-9A32-F012E5DB21BC@biochem.wisc.edu"
 type="cite">Pavel,
  <div><br>
  </div>
  <div>Instead of 'abusing' the altlocs (one CAN think of this as
alternative locations of the whole chain) if you have a convenient
better way, we are listening....
  <div><br>
  </div>
  <div>George</div>
  <div><br>
  <div><span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
  <div>
  <div>George N. Phillips, Jr., Ph.D.</div>
  <div>Professor of Biochemistry and of</div>
  <div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; Computer Sciences</div>
  <div>University of Wisconsin-Madison</div>
  <div>433 Babcock Dr. Madison, Wi 53706</div>
  <div>Phone/FAX (608) 263-6142</div>
  </div>
  <div><br>
  </div>
  </span><br class="Apple-interchange-newline">
  </div>
  <br>
  <div>
  <div>On Sep 15, 2009, at 12:22 PM, Pavel Afonine wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite">
    <div bgcolor="#ffffff" text="#000000">Hi Ben,<br>
    <br>
to allow so I will have to slightly change the code... I went through
the whole PDB and did not find any item that has more than 3 or 4
conformers (at the moment of coding this). So that made my choice for
that temporary limitation of max=4 conformers (putting aside a number
of cases of abusing altlocs to mimic multiple models MODEL-ENDMDL).
Unfortunately, nothing is so permanent as temporary, so we have 4 since
that -:)<br>
    <br>
May I ask you: why you need to have more than 4 conformers? If it is
really a bottleneck and stops you from doing something important right
now, I can go ahead and fix it.<br>
    <br>
Pavel.<br>
    <br>
    <br>
On 9/15/09 9:20 AM, Ben Mueller wrote:
    <blockquote
 cite="mid:8b6123580909150920j52a7c0faw9ec29762e4aa66fb@mail.gmail.com"
 type="cite">I am a relatively new Phenix user and I am trying to see
if it is possible to push the number of conformers beyond 4. I tried to
do so, and I recieved the error message: <br>
      <br>
RuntimeError: Exceed maximum allowable number of conformers (=4).<br>
      <br>
Is there an easy (or difficult) way around this?<br>
      <br>
Thanks for your time,<br>
      <br>
Ben Mueller<br>
      <br>
Phillips Lab<br>
Department of Biochemistry<br>
University of Wisconsin - Madison<br>
      <pre wrap=""><hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
 href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
 href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
    </blockquote>
    </div>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
    <a moz-do-not-send="true" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  </div>
  </div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>