Thanks. The problem is that it is a big complex with many chains and I think that giving a sequence to the program will only confuse it. That is why I wanted to use phenix.find_helices_strand which does not require sequence but as I understand is not part of Autobuild (am I wrong ?). <br>
<br>Peter.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 17, 2009 at 12:24 AM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:NEchols@lbl.gov">NEchols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5">On Sep 16, 2009, at 3:05 PM, Peter Grey wrote:<br>
&gt; I am trying to solve a big RNA/protein complex at 5A resolution.<br>
&gt; Phases come from MR solution with a partial model in Phaser. Thanks<br>
&gt; to �NCS the map after density modification in RESOLVE is of<br>
&gt; reasonable quality for this resolution and new secondary structures,<br>
&gt; out side of the model, can be detected.<br>
&gt; I would like to improve the maps and model with something like a<br>
&gt; poor man&#39;s version of AutoBuild. An Autobuild for very low<br>
&gt; resolutions that does not include refinement �but iteratively<br>
&gt; carries out density modification and �identification of helices/<br>
&gt; strands outside of the model with phenix.find_helices_strand.<br>
&gt; Does this sound feasible, Are there already scripts the follow such<br>
&gt; a scheme ?<br>
<br>
<br>
</div></div>Use a command like this:<br>
<br>
phenix.autobuild model.pdb data.mtz seq_file=seq.dat<br>
rebuild_in_place=False helices_strands_only=True refine=False<br>
<br>
(This is from the most recent documentation - but I think it&#39;s the<br>
same in 1.4-3.)<br>
<br>
I&#39;m not sure whether helices_strands_only works for RNA too, although<br>
AutoBuild certainly does build RNA.<br>
<br>
-------------------<br>
Nathaniel Echols<br>
Lawrence Berkeley Lab<br>
510-486-5136<br>
<a href="mailto:NEchols@lbl.gov">NEchols@lbl.gov</a><br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Peter<br>