<p>We are having the same problem.  Sugars are not linked properly after
runing<br />
phenix.refine, whereas they are fine using CNS.  Distance can be preserved, but
the bond angles are wrong.<br /> </p><p>I am using phenix-1.4-2.<br /><br></br>
<br /> 
Jose M Casasnovas<br />
</p><p></p><p>
Quoting Tirumala Kumar Chowdary &lt;Tirumala.Chowdary@tufts.edu&gt;:<br />
<br />
&gt; Hi,<br />
&gt;<br />
&gt; My question is related to the 'refining sugars in phenix' questions<br />
&gt; that have been appearing on the bb for the last two days.<br />
&gt;<br />
&gt; I am trying to refine my NAGs and somehow phenix is ignoring the sugars<br
/>
&gt; in my structure. Neither it is making a bond between my ASN and NAG nor<br
/>
&gt; NAG-NAG bond. My nag-nag.cif and cif_link.params are read properly,<br />
&gt; though.<br />
&gt;<br />
&gt; I am using in version 1.4.125 still. Is this the problem ? Does<br />
&gt; upgrading to any of the later build will help ?<br />
&gt;<br />
&gt;<br />
&gt; Tirumal<br />
&gt;<br />
&gt; _______________________________________________<br />
&gt; phenixbb mailing list<br />
&gt; phenixbb@phenix-online.org<br />
&gt; <a target="_blank"
href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br
/>
&gt;<br />
<br />

<br />
-- <br />
Centro Nacional de Biotecnología (lab. B16)<br />
CSIC, Campus UAM<br />
Darwin 3<br />
28049 Madrid<br />
Spain<br />
Ph.  34 915854917(8)<br />
Fax. 34 915854506<br />
email: jcasasnovas@cnb.csic.es</p><br />