<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi again Peter,</div><div><br></div><div>I forgot to mention in the previous email that in a prime and switch run of resolve there is a place to input FCALC:</div><div><pre><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; ">hklin sigmaa.mtz</span></font></pre><pre><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; ">labin FP=FP FC=FC PHIC=PHIC FOM=WCMB FWT=FWT</span></font></pre><pre><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal;">All the best,</span></font></pre><pre><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal;">Tom T</span></font></pre><pre><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal;"><br></span></font></pre></div><div><div>On Oct 1, 2009, at 10:43 AM, Tom Terwilliger wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Peter,&nbsp;<div><br><div>If I understand the question correctly, then I think you want to:</div><div><br></div><div>1. use experimental data only (including MAD/SAD phases and HL coeffs if available) as input to resolve with&nbsp;</div><div><br></div><div>hklin my_experimental_data_only.mtz</div><div>labin FP=FP SIGFP=SIGFP PHIB=PHIB FOM=FOM</div><div><br></div><div>(skipping PHIB and FOM if you have only FP and SIGFP and no experimental phases</div><div><br></div><div>2. &nbsp;You can optionally use your model map as a starting map for resolve with:</div><div><br></div><div>hklstart 2fofc.mtz</div><div>labstart FP=2FOFCWT PHIB=PH2FOFCWT</div><div><br></div><div>I don't think there is any time where you would want to use FMODEL or FCALC as input to resolve, though I could be wrong on that!</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div>On Oct 1, 2009, at 9:37 AM, Peter Grey wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hello,<br><br>We use iterative cycles of manual building (coot) - refinement (phenix) - density modification to improve maps for the next building step (RESOLVE).<br><br>Should we use FMODEL,PHIFMODEL from phenix or FCALC,PHIFCALC in the input to RESOLVE.&nbsp; MODEL structure factors are closer to experimental ones but are they better for density modification purposes ? <br clear="all"> I think that if the program uses , as in DM, only Fobs and phases to calculate the maps then&nbsp; PHIFCALC is better (no contribution of solvent) but if the programs calculates 2Fo-Fc maps then FMODEL,PHIFMODEL is better since it was shown that these maps are beter when bulk solvent correction is used.<br> <br>Could you please comment whether this reasoning is correct and give information as to which is the case in resolve. <br><br>Thanks,<br>-- <br>Peter<br> _______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></div></div>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></body></html>