<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:PMingLiU;
        panose-1:2 2 3 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:MingLiU;
        panose-1:2 2 3 9 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:PMingLiU;
        panose-1:2 2 3 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:MingLiU;
        panose-1:2 2 3 9 0 0 0 0 0 0;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:MingLiU;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;}
 /* Page Definitions */
 @page Section1
        {size:21.0cm 842.0pt;
        margin:72.0pt 89.85pt 72.0pt 89.85pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=ZH-TW link=blue vlink=purple style='text-justify-trim:punctuation'>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Hi everyone,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>I have a P31 twin crystal, resolution 2.0, and with</span></font><span
lang=EN-US> </span><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>twin fraction 0.451. I use phenix.refine to refine the
structure and with freeR set to 8%.<o:p></o:p></span></font></p>

<pre><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font size=1
face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;font-family:Arial'>% phenix.refine data.sca model.pdb twin_law=&quot;h,-h-k,-l&quot; xray_data.r_free_flags.generate=True xray_data.r_free_flags.fraction=0.08<o:p></o:p></span></font></pre>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Result:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Final: r_work = 0.1793 r_free = 0.2258 bonds = 0.011
angles = 1.557<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R
VALUE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
: 0.2258<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE TEST SET
SIZE&nbsp;&nbsp; (%) : 3.67<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE TEST SET
COUNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 2013<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>After the refinement, it seems like my freeR set size reduced
by half (3.67%). Is it due to the twin effect, or something is wrong with my
refinement?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>And if I use ccp4 program &#8220;scalpeak2mtz &#8220; to
convert the .sca to .mtz and with freeR fraction set to 8%. Then refine it with
phenix.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<pre><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;
font-family:Arial'>% phenix.refine data.mtz model.pdb twin_law=&quot;h,-h-k,-l&quot; <o:p></o:p></span></font></pre>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Final: r_work = 0.1669 r_free = 0.1970 bonds = 0.010
angles = 1.406<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R
VALUE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
: 0.2022<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE TEST SET
SIZE&nbsp;&nbsp; (%) : 7.80<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>REMARK&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; FREE R VALUE TEST SET
COUNT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 4326<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>It turns out, my test set is still 8%, and R/Rfree looks
even better than the first one. So I am wondering which one is the correct one</span></font><span
lang=EN-US> and why</span><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US
style='font-size:9.0pt;font-family:Arial'>?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<pre><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:9.0pt;
font-family:Arial'>Thanks!<o:p></o:p></span></font></pre>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'>Lauren<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=1 face=Arial><span lang=EN-US style='font-size:
9.0pt;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>