<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE>Re: [phenixbb] occupancy refinement</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.6000.16939" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I just remembered that the 10% difference in 
occupancy was most likely the result of not reaching the convergence. If you 
continue refinement, then the occupancy converges.&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;
<DIV><FONT face=Arial size=2>Pavel, my question is this. If occupancy depends on 
B-factor, how come the occupancy refinement gives you such an accurate number 
for an occupancy (let's say 0.44). </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Maia</FONT></DIV></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=chern@ualberta.ca href="mailto:chern@ualberta.ca">chern</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=phenixbb@phenix-online.org 
  href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">PHENIX user mailing list</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Tuesday, November 24, 2009 9:08 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [phenixbb] occupancy 
  refinement</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>Thank you Kendall and Pavel for your responces. 
  </FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>I really want</FONT><FONT face=Arial 
  size=2>&nbsp;to determine the occupancy of my ligand. I saw one suggestion to 
  try different refinements with&nbsp;different occupancies and compare the 
  B-factors.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>The occupancy with a B-factor that&nbsp;is at the 
  level with the average protein B-factors,&nbsp;is a&nbsp;"true" 
  occupancy.&nbsp;</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I also noticed the dependence 
  of the ligand occupancy on the initial occupancy. I saw the difference of 10 
  to 15%, that is why I&nbsp;am wondering if the second&nbsp;digit after the 
  decimal point makes any sence.</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>Maia</FONT></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
  <BLOCKQUOTE 
  style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
    <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
    <DIV 
    style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
    <A title=knettles@scripps.edu href="mailto:knettles@scripps.edu">Kendall 
    Nettles</A> </DIV>
    <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=phenixbb@phenix-online.org 
    href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">PHENIX user mailing list</A> </DIV>
    <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Tuesday, November 24, 2009 8:22 
    PM</DIV>
    <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [phenixbb] occupancy 
    refinement</DIV>
    <DIV><BR></DIV><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 12px">Hi Maia, <BR>I think the criteria for occupancy 
    refinement of ligands is similar to a decision to add an alt conformation 
    for an amino acid. I &nbsp;donít refine occupancy of a ligand unless the 
    difference map indicates that we have to. Sometimes part of the igand may be 
    conformationally mobile and show poor density, but I personally donít think 
    this justifies occupancy refinement without evidence from the difference 
    map. I agree with Pavel that you shouldnít expect much change in overall 
    statistics, unless the ligand has very low occupancy., or you have a very 
    small protein. &nbsp;We typically see 0.5-1% difference in R factors from 
    refining with ligand versus without for nuclear receptor igand binding 
    domains of about 250 amino acids, and we see very small differences from 
    occupancy refinement of the ligands.<BR><BR>Regarding the error, I have 
    noticed differences of 10% percent occupancy depending on what you set the 
    starting occupancy before refinement. That is, if the starting occupancy 
    starts at 1, you might end up with 50%, but if you start it at 0.01, you 
    might get 40%. I donít have the expertise to explain why this is, but I also 
    donít think it is necessarily important. I think it is more important to 
    convince yourself that the ligand binds how you think it does. With steroid 
    receptors, the ligand is usually planer, and tethered by hydrogen bonds on 
    two ends. That leaves us with with four possible poses, so if in doubt, we 
    will dock in the ligand in all of the four orientations and refine. So far, 
    we have had only one of several dozen structures where the ligand 
    orientation was not obvious after this procedure. I worry about a letter to 
    the editor suggesting that the &nbsp;electron density for the ligand doesnít 
    support the conclusions of the paper, not whether the occupancy is 40% 
    versus 50%. <BR><BR>You might also want to consider looking at several maps, 
    such as the simple or simulated annealing composite omit maps. These can be 
    noisy, so also try the kicked maps ( <A 
    href="http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-September/002573.html),">http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-September/002573.html),</A> 
    which I have become a big fan of. <BR><BR>Regards,<BR>Kendall 
    Nettles<BR><BR>On 11/24/09 3:07 PM, "chern@ualberta.ca" 
    &lt;chern@ualberta.ca&gt; wrote:<BR><BR></SPAN></FONT>
    <BLOCKQUOTE><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN 
      style="FONT-SIZE: 12px">Hi,<BR>I am wondering what is the criteria for 
      occupancy refinement of <BR>ligands. I noticed that R factors change very 
      little, but the ligand <BR>B-factors change significantly . On the other 
      hand, the occupancy is <BR>refined to the second digit after the decimal 
      point. How can I find <BR>out the error for the refined occupancy of 
      ligands?<BR><BR>Maia<BR>_______________________________________________<BR>phenixbb 
      mailing list<BR>phenixbb@phenix-online.org<BR><A 
      href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A><BR><BR></SPAN></FONT></BLOCKQUOTE><FONT 
    face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 12px"><BR></SPAN></FONT>
    <P>
    <HR>

    <P></P>_______________________________________________<BR>phenixbb mailing 
    list<BR>phenixbb@phenix-online.org<BR>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<BR></BLOCKQUOTE>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>phenixbb mailing 
  list<BR>phenixbb@phenix-online.org<BR>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>