<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE>Re: [phenixbb] occupancy refinement</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.6000.16939" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thank you Kendall and Pavel for your responces. 
</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I really want</FONT><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;to determine the occupancy of my ligand. I saw one suggestion to 
try different refinements with&nbsp;different occupancies and compare the 
B-factors.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>The occupancy with a B-factor that&nbsp;is at the 
level with the average protein B-factors,&nbsp;is a&nbsp;"true" 
occupancy.&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I also noticed the dependence of 
the ligand occupancy on the initial occupancy. I saw the difference of 10 to 
15%, that is why I&nbsp;am wondering if the second&nbsp;digit after the decimal 
point makes any sence.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Maia</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=knettles@scripps.edu href="mailto:knettles@scripps.edu">Kendall 
  Nettles</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=phenixbb@phenix-online.org 
  href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">PHENIX user mailing list</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Tuesday, November 24, 2009 8:22 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [phenixbb] occupancy 
  refinement</DIV>
  <DIV><BR></DIV><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12px">Hi Maia, <BR>I think the criteria for occupancy 
  refinement of ligands is similar to a decision to add an alt conformation for 
  an amino acid. I &nbsp;donít refine occupancy of a ligand unless the 
  difference map indicates that we have to. Sometimes part of the igand may be 
  conformationally mobile and show poor density, but I personally donít think 
  this justifies occupancy refinement without evidence from the difference map. 
  I agree with Pavel that you shouldnít expect much change in overall 
  statistics, unless the ligand has very low occupancy., or you have a very 
  small protein. &nbsp;We typically see 0.5-1% difference in R factors from 
  refining with ligand versus without for nuclear receptor igand binding domains 
  of about 250 amino acids, and we see very small differences from occupancy 
  refinement of the ligands.<BR><BR>Regarding the error, I have noticed 
  differences of 10% percent occupancy depending on what you set the starting 
  occupancy before refinement. That is, if the starting occupancy starts at 1, 
  you might end up with 50%, but if you start it at 0.01, you might get 40%. I 
  donít have the expertise to explain why this is, but I also donít think it is 
  necessarily important. I think it is more important to convince yourself that 
  the ligand binds how you think it does. With steroid receptors, the ligand is 
  usually planer, and tethered by hydrogen bonds on two ends. That leaves us 
  with with four possible poses, so if in doubt, we will dock in the ligand in 
  all of the four orientations and refine. So far, we have had only one of 
  several dozen structures where the ligand orientation was not obvious after 
  this procedure. I worry about a letter to the editor suggesting that the 
  &nbsp;electron density for the ligand doesnít support the conclusions of the 
  paper, not whether the occupancy is 40% versus 50%. <BR><BR>You might also 
  want to consider looking at several maps, such as the simple or simulated 
  annealing composite omit maps. These can be noisy, so also try the kicked maps 
  ( <A 
  href="http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-September/002573.html),">http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-September/002573.html),</A> 
  which I have become a big fan of. <BR><BR>Regards,<BR>Kendall 
  Nettles<BR><BR>On 11/24/09 3:07 PM, "chern@ualberta.ca" 
  &lt;chern@ualberta.ca&gt; wrote:<BR><BR></SPAN></FONT>
  <BLOCKQUOTE><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN 
    style="FONT-SIZE: 12px">Hi,<BR>I am wondering what is the criteria for 
    occupancy refinement of <BR>ligands. I noticed that R factors change very 
    little, but the ligand <BR>B-factors change significantly . On the other 
    hand, the occupancy is <BR>refined to the second digit after the decimal 
    point. How can I find <BR>out the error for the refined occupancy of 
    ligands?<BR><BR>Maia<BR>_______________________________________________<BR>phenixbb 
    mailing list<BR>phenixbb@phenix-online.org<BR><A 
    href="http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A><BR><BR></SPAN></FONT></BLOCKQUOTE><FONT 
  face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN 
  style="FONT-SIZE: 12px"><BR></SPAN></FONT>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>phenixbb mailing 
  list<BR>phenixbb@phenix-online.org<BR>http://www.phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>