<html>

<head>

<style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

--></style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hi, I have a question after readng this. What command should I use to do Cartesian or torsion-angle simulated annealing? Where should I change if I want to run .eff? &nbsp;} &nbsp; simulated_annealing { &nbsp;&nbsp;&nbsp; start_temperature = 5000 &nbsp;&nbsp;&nbsp; final_temperature = 300 &nbsp;&nbsp;&nbsp; cool_rate = 100 &nbsp;&nbsp;&nbsp; number_of_steps = 25 &nbsp;&nbsp;&nbsp; time_step = 0.0005 &nbsp;&nbsp;&nbsp; n_print = 100 &nbsp;&nbsp;&nbsp; update_grads_shift = 0.3 &nbsp;&nbsp;&nbsp; refine_sites = True &nbsp;&nbsp;&nbsp; refine_adp = False &nbsp;&nbsp;&nbsp; max_number_of_iterations = 25 &nbsp;&nbsp;&nbsp; mode = every_macro_cycle *second_and_before_last once first &nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose = -1 Thanks for the answer. PC &gt; From: rwgk@cci.lbl.gov &gt; Date: Tue, 8 Dec 2009 12:34:09 -0800 &gt; To: phenixbb@phenix-online.org &gt; Subject: Re: [phenixbb] refin!

ement &gt;  &gt; &gt; I do have very low resolution data (around 4 ang), what are &gt; &gt; the efficient way of doing refinement, either rigid body alone or &gt; &gt; rigidbody and tls or individual with group_adp. I did both, but not &gt; &gt; much significant changes in Rfree stays around 48/50%. &gt;  &gt; You could also try Cartesian or torsion-angle simulated annealing. &gt; I'd try both. In my experience Cartesian SA often works better even &gt; at low resolution. &gt; If you get errors running torsion-angle annealing, please try &gt; the latest nightly build (dev-249) since I've fixed several &gt; problems since the 1.5-2 release. &gt;  &gt; &gt; Also I do have other questions &gt; &gt;     &gt; &gt; 1. While doing rigid body refinement, phenix complaint about the &gt; &gt; special position and could not perform rigid body refinement, &gt; &gt; whereas individual site refinement is working fine. I do have to &!

 gt; &gt; delete the atom in special position for rigid body refinement

?<br>&gt; <br>&gt; You could use<br>&gt;   sites.rigid_body = ...<br>&gt; to select the bodies you want to refine. The rest (including your<br>&gt; atom on the special position) will not move.<br>&gt; <br>&gt; Ralf<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>                                               <br /><hr />Keep your friends updated�X <a href='http://www.microsoft.com/middleeast/windows/windowslive/see-it-in-action/social-network-basics.aspx?ocid=PID23461::T:WLMTAGL:ON:WL:en-xm:SI_SB_5:092010' target='_new'>even when you��re not signed in.</a></body>

</html>