<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi, I have a question after readng this.<br><br>What command should I use to do Cartesian or torsion-angle simulated annealing?<br><br>Where should I change if I want to run .eff?<br>&nbsp;}<br>&nbsp; simulated_annealing {<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; start_temperature = 5000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; final_temperature = 300<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; cool_rate = 100<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; number_of_steps = 25<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; time_step = 0.0005<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; n_print = 100<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; update_grads_shift = 0.3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; refine_sites = True<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; refine_adp = False<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; max_number_of_iterations = 25<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mode = every_macro_cycle *second_and_before_last once first<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; verbose = -1<br><br><br>Thanks for the answer.<br><br><br>PC<br><br><br><br><br>&gt; From: rwgk@cci.lbl.gov<br>&gt; Date: Tue, 8 Dec 2009 12:34:09 -0800<br>&gt; To: phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; Subject: Re: [phenixbb] refin!
 ement<br>&gt; <br>&gt; &gt; I do have very low resolution data (around 4 ang), what are<br>&gt; &gt; the efficient way of doing refinement, either rigid body alone or<br>&gt; &gt; rigidbody and tls or individual with group_adp. I did both, but not<br>&gt; &gt; much significant changes in Rfree stays around 48/50%.<br>&gt; <br>&gt; You could also try Cartesian or torsion-angle simulated annealing.<br>&gt; I'd try both. In my experience Cartesian SA often works better even<br>&gt; at low resolution.<br>&gt; If you get errors running torsion-angle annealing, please try<br>&gt; the latest nightly build (dev-249) since I've fixed several<br>&gt; problems since the 1.5-2 release.<br>&gt; <br>&gt; &gt; Also I do have other questions<br>&gt; &gt;    <br>&gt; &gt; 1. While doing rigid body refinement, phenix complaint about the<br>&gt; &gt; special position and could not perform rigid body refinement,<br>&gt; &gt; whereas individual site refinement is working fine. I do have to<br>&!
 gt; &gt; delete the atom in special position for rigid body refinement
?<br>&gt; <br>&gt; You could use<br>&gt;   sites.rigid_body = ...<br>&gt; to select the bodies you want to refine. The rest (including your<br>&gt; atom on the special position) will not move.<br>&gt; <br>&gt; Ralf<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; phenixbb mailing list<br>&gt; phenixbb@phenix-online.org<br>&gt; http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>                                               <br /><hr />Keep your friends updated¡X <a href='http://www.microsoft.com/middleeast/windows/windowslive/see-it-in-action/social-network-basics.aspx?ocid=PID23461::T:WLMTAGL:ON:WL:en-xm:SI_SB_5:092010' target='_new'>even when you¡¦re not signed in.</a></body>
</html>