<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content=text/html;charset=Big5>
<META content="MSHTML 6.00.6000.16945" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY text=#000000 bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi Pavel,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Now that Randy sent you a reference about the 
effect of very weak reflections will you&nbsp;include&nbsp;the changes in the 
refiment procedure?&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am wondering about that because I get different 
maps from the phenix refinement and from the refmac refinement. In one case I 
see the isoalloxazine ring of the FAD cofactor flat, in the other case this ring 
is bent. The same story with the densities for ligands. Is it about geometry 
restraints or effects of exclusion of very weak reflections?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Maia</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=PAfonine@lbl.gov href="mailto:PAfonine@lbl.gov">Pavel Afonine</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=phenixbb@phenix-online.org 
  href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">PHENIX user mailing list</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Thursday, December 10, 2009 9:31 
  AM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [phenixbb] refinement</DIV>
  <DIV><BR></DIV>Hi Pei-Chun,<BR><BR>the target function for coordinates 
  refinement that is used in phenix.refine is following:<BR><BR>T = wxc_scale * 
  wxc * Txray + wc * Trestraints<BR><BR>where: wxc is determined automatically, 
  wc =1 by default, and wxc_scale = 0.5 by default. A user can adjust wxc_scale 
  or wc. <BR><BR>Responding your question about "put much more weight on 
  geometry restraints": you can do it either by decreasing wxc_scale or by 
  increasing wc. I would try an array of values for wxc_scale to see which one 
  gives the best result. <BR><BR>Please let me know if it's still not clear or 
  if you have any other questions!<BR><BR>Pavel.<BR><BR><BR>On 12/10/09 7:38 AM, 
  Pei-Chun Lin wrote: 
  <BLOCKQUOTE cite=mid:SNT112-W65E022D2A8D5A9B30A685DB78D0@phx.gbl 
    type="cite"><STYLE>.hmmessage P {
        PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 0px; PADDING-BOTTOM: 0px; MARGIN: 0px; PADDING-TOP: 0px
}
BODY.hmmessage {
        FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Verdana
}
</STYLE>
    Hi, <BR><BR>When talking about "put much more weight on geometry restraints 
    to avoid overfitting", what wxc and wxu value will you suggest to use for a 
    4A structure?<BR>I am working on a 3.5A structure and have no experience of 
    adjusting weight value before. Any suggestion will be very helpful to 
    me.<BR><BR><BR>PC<BR><BR><BR>
    <HR id=stopSpelling>
    Date: Tue, 8 Dec 2009 20:12:29 -0800<BR>From: <A 
    class=moz-txt-link-abbreviated 
    href="mailto:PAfonine@lbl.gov">PAfonine@lbl.gov</A><BR>To: <A 
    class=moz-txt-link-abbreviated 
    href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A><BR>Subject: 
    Re: [phenixbb] refinement<BR><BR>Hi,<BR><BR>although I've seen cases like 
    yours when SA in Cartesian space did miracles, in many of cases modeling at 
    4A resolution is a tough problem. <BR><BR>Since clearly SA didn't work out 
    (given R/Rfree ~ 37/50% and the starting 48/50), I would try splitting your 
    model into rigid domains and refine each as a rigid body. Plus, I would 
    refine one isotropic B per residue or per domain (try both). This is a few 
    minutes to try so why don't you do so.<BR>Also, I would still combine it 
    (rigid body and B-factor refinement) with Cartesian SA, but I would put much 
    more weight on geometry restraints to avoid overfitting.<BR><BR>As you 
    probably aware of, in phenix.refine you can run combined refinement jobs, 
    for example, consisting of SA, rigid body, B-factor refinement and so on. So 
    I would recommend playing with the above suggestions to see if it works. 
    Plus, <B>don't forget looking at the maps - may be you manage to fit 
    something manually.</B><BR><BR>By the way, which R-factors you get if you 
    run:<BR><BR>phenix.model_vs_data data.mtz 
    model.pdb<BR><BR>(phenix.model_vs_data will account for twinning (if any) 
    using Xtriage automatically) ?<BR><BR>Write us if you have 
    questions.<BR><BR>Good luck,<BR>Pavel.<BR><BR><BR><BR>On 12/8/09 7:02 PM, r 
    n wrote: 
    <BLOCKQUOTE cite=mid:234998.1239.qm@web33308.mail.mud.yahoo.com>
      <STYLE>
.ExternalClass DIV
{;}
    </STYLE>

      <DIV 
      style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif">
      <DIV><SPAN style="FONT-FAMILY: tahoma,new york,times,serif">Thanks a 
      lot.<SPAN style="FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif"> I did download 
      the new -dev249 and did cartesian SA, R goes down to 37 but R-free (50) 
      did not. </SPAN></SPAN><BR>Any suggestions?<BR><BR><BR></DIV>
      <DIV 
      style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif"><BR>
      <DIV 
      style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif"><FONT 
      face=Tahoma size=2>
      <HR SIZE=1>
      <B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">From:</SPAN></B> Ralf W. 
      Grosse-Kunstleve <A class=ecxmoz-txt-link-rfc2396E 
      href="mailto:rwgk@cci.lbl.gov" 
      moz-do-not-send="true">&lt;rwgk@cci.lbl.gov&gt;</A><BR><B><SPAN 
      style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> <A 
      class=ecxmoz-txt-link-abbreviated href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" 
      moz-do-not-send="true">phenixbb@phenix-online.org</A><BR><B><SPAN 
      style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Tue, December 8, 2009 3:34:09 
      PM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> Re: 
      [phenixbb] refinement<BR></FONT><BR>&gt; I do have very low resolution 
      data (around 4 ang), what are<BR>&gt; the efficient way of doing 
      refinement, either rigid body alone or<BR>&gt; rigidbody and tls or 
      individual with group_adp. I did both, but not<BR>&gt; much significant 
      changes in Rfree stays around 48/50%.<BR><BR>You could also try Cartesian 
      or torsion-angle simulated annealing.<BR>I'd try both. In my experience 
      Cartesian SA often works better even<BR>at low resolution.<BR>If you get 
      errors running torsion-angle annealing, please try<BR>the latest nightly 
      build (dev-249) since I've fixed several<BR>problems since the 1.5-2 
      release.<BR><BR>&gt; Also I do have other questions<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; 
      <BR>&gt; 1. While doing rigid body refinement, phenix complaint about 
      the<BR>&gt; special position and could not perform rigid body 
      refinement,<BR>&gt; whereas individual site refinement is working fine. I 
      do have to<BR>&gt; delete the atom in special position for rigid body 
      refinement?<BR><BR>You could use<BR>&nbsp; sites.rigid_body = ...<BR>to 
      select the bodies you want to refine. The rest (including your<BR>atom on 
      the special position) will not 
      move.<BR><BR>Ralf<BR>_______________________________________________<BR>phenixbb 
      mailing list<BR><A href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" 
      moz-do-not-send="true">phenixbb@phenix-online.org</A><BR><SPAN><A 
      href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" 
      moz-do-not-send="true">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A></SPAN><BR></DIV></DIV></DIV><BR><PRE><HR width="90%" SIZE=4>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<A class=ecxmoz-txt-link-abbreviated href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" moz-do-not-send="true">phenixbb@phenix-online.org</A>
<A class=ecxmoz-txt-link-freetext href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" moz-do-not-send="true">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A>
  </PRE></BLOCKQUOTE><BR>
    <HR>
    Keep your friends updated¡X <A 
    href="http://www.microsoft.com/middleeast/windows/windowslive/see-it-in-action/social-network-basics.aspx?ocid=PID23461::T:WLMTAGL:ON:WL:en-xm:SI_SB_5:092010" 
    target=_new moz-do-not-send="true">even when you¡¦re not signed in.</A> <PRE wrap=""><HR width="90%" SIZE=4>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<A class=moz-txt-link-abbreviated href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</A>
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A>
  </PRE></BLOCKQUOTE>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>phenixbb mailing 
  list<BR>phenixbb@phenix-online.org<BR>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>