<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi, <br><br>When talking about "put much more weight on geometry
restraints to avoid overfitting", what wxc and wxu value will you suggest to use for a 4A structure?<br>I am working on a 3.5A structure and have no experience of adjusting weight value before. Any suggestion will be very helpful to me.<br><br><br>PC<br><br><br><hr id="stopSpelling">Date: Tue, 8 Dec 2009 20:12:29 -0800<br>From: PAfonine@lbl.gov<br>To: phenixbb@phenix-online.org<br>Subject: Re: [phenixbb] refinement<br><br>




  


Hi,<br>
<br>
although I've seen cases like yours when SA in Cartesian space did
miracles, in many of cases modeling at 4A resolution is a tough
problem. <br>
<br>
Since clearly SA didn't work out (given R/Rfree ~ 37/50% and the
starting 48/50), I would try splitting your model into rigid domains
and refine each as a rigid body. Plus, I would refine one isotropic B
per residue or per domain (try both). This is a few minutes to try so
why don't you do so.<br>
Also, I would still combine it (rigid body and B-factor refinement)
with Cartesian SA, but I would put much more weight on geometry
restraints to avoid overfitting.<br>
<br>
As you probably aware of, in phenix.refine you can run combined
refinement jobs, for example, consisting of SA, rigid body, B-factor
refinement and so on. So I would recommend playing with the above
suggestions to see if it works. Plus, <b>don't forget looking at the
maps - may be you manage to fit something manually.</b><br>
<br>
By the way, which R-factors you get if you run:<br>
<br>
phenix.model_vs_data data.mtz model.pdb<br>
<br>
(phenix.model_vs_data will account for twinning (if any) using Xtriage
automatically) ?<br>
<br>
Write us if you have questions.<br>
<br>
Good luck,<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
<br>
On 12/8/09 7:02 PM, r n wrote:
<blockquote cite="mid:234998.1239.qm@web33308.mail.mud.yahoo.com">
  <style>
.ExternalClass DIV
{;}
</style>
  <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">
  <div><span style="font-family: tahoma,new york,times,serif;">Thanks a
lot.<span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"> I did
download the new -dev249 and did cartesian SA, R goes down to 37 but
R-free (50) did not. </span></span><br>
Any suggestions?<br>
  <br>
  <br>
  </div>
  <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br>
  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 13px;"><font face="Tahoma" size="2">
  <hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b>
Ralf W. Grosse-Kunstleve <a class="ecxmoz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:rwgk@cci.lbl.gov">&lt;rwgk@cci.lbl.gov&gt;</a><br>
  <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b>
<a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
  <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tue, December 8,
2009 3:34:09 PM<br>
  <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re:
[phenixbb] refinement<br>
  </font><br>
&gt; I do have very low resolution data (around 4 ang), what are<br>
&gt; the efficient way of doing refinement, either rigid body alone or<br>
&gt; rigidbody and tls or individual with group_adp. I did both, but not<br>
&gt; much significant changes in Rfree stays around 48/50%.<br>
  <br>
You could also try Cartesian or torsion-angle simulated annealing.<br>
I'd try both. In my experience Cartesian SA often works better even<br>
at low resolution.<br>
If you get errors running torsion-angle annealing, please try<br>
the latest nightly build (dev-249) since I've fixed several<br>
problems since the 1.5-2 release.<br>
  <br>
&gt; Also I do have other questions<br>
&gt;&nbsp; &nbsp; <br>
&gt; 1. While doing rigid body refinement, phenix complaint about the<br>
&gt; special position and could not perform rigid body refinement,<br>
&gt; whereas individual site refinement is working fine. I do have to<br>
&gt; delete the atom in special position for rigid body refinement?<br>
  <br>
You could use<br>
&nbsp; sites.rigid_body = ...<br>
to select the bodies you want to refine. The rest (including your<br>
atom on the special position) will not move.<br>
  <br>
Ralf<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
  <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
  <span><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></span><br>
  </div>
  </div>

  </div>
  <br>
  <pre><hr size="4" width="90%"><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>  </pre>
</blockquote>                                               <br /><hr />Keep your friends updated¡X <a href='http://www.microsoft.com/middleeast/windows/windowslive/see-it-in-action/social-network-basics.aspx?ocid=PID23461::T:WLMTAGL:ON:WL:en-xm:SI_SB_5:092010' target='_new'>even when you¡¦re not signed in.</a></body>
</html>