<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Kendall,<br>
<br>
I guess you need to change the default setting for<br>
<br>
group_adp_refinement_mode = *one_adp_group_per_residue \<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; two_adp_groups_per_residue
group_selection<br>
<br>
to <br>
<br>
group_adp_refinement_mode = one_adp_group_per_residue \<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; two_adp_groups_per_residue
*group_selection<br>
<br>
and then everything will be ok, please let me know otherwise.<br>
<br>
The parameters will look like:<br>
<br>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span
 style="font-size: 11pt;">refinement {<br>
&nbsp;&nbsp;refine {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;strategy = *individual_sites individual_sites_real_space rigid_body
\<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;individual_adp *group_adp *tls occupancies
group_anomalous<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;adp {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></font>group_adp_refinement_mode =
one_adp_group_per_residue \<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; two_adp_groups_per_residue
*group_selection<br>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span
 style="font-size: 11pt;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain X<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain A<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain B<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain C<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain D <br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain X <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain A <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain B <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain C<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain D &nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}}<br>
</span></font><br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 12/30/09 12:29 PM, Kendall Nettles wrote:
<blockquote cite="mid:C7612244.7ACE%25knettles@scripps.edu" type="cite">
  <title>Problem with parameters file for group ADP refinement</title>
  <font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span
 style="font-size: 11pt;">I&#8217;m trying to refine a 3.5 anstrom structure
with one TLS and one ADP per chain, but I keep getting the error
message:<br>
  <br>
&#8220;Sorry: Selections for group B-factor refinement are given, but no
refinement requested.&#8221;<br>
  <br>
The parameters file is listed below. Any suggestions? <br>
  <br>
Best regards and happy New Year,<br>
  <br>
Kendall Nettles<br>
  <br>
  <br>
refinement {<br>
&nbsp;&nbsp;refine {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;strategy = *individual_sites individual_sites_real_space rigid_body
\<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;individual_adp *group_adp *tls occupancies
group_anomalous<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;adp {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain X<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain A<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain B<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain C<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;group = chain D <br>
  <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain X <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain A <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain B <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain C<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;tls = chain D &nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}}<br>
  <br>
&nbsp;&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;target_weights {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mode = *every_macro_cycle<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;optimize_wxc=true<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;optimize_wxu=true}<br>
  <br>
}<br>
  <br>
refinement.modify_start_model.adp.set_b_iso = 80<br>
  <br>
refinement.input.xray_data.labels=IMEAN<br>
  <br>
  <br>
  </span></font>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
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  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>