
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2900.3603" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV>Dr.Zwart,</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>Thanks for the reply.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>2. The systematic absences and the Rsym support the P3121.I already 


mentioned the model fit very with the map if I use the&nbsp;P3121.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>3. If I try P3,the Matthews coeffs tell 2 or 3 molecules in the ASU,the 


molecules will crash.Besides,the overall FOM ( lower than 0.4) and the R/Rfree 


values (about&nbsp;0.45/0.56)&nbsp;suggest that the P3 is the wrong sg.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>4. TLS refinement also did not imrove the results.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>5. There are totally 88 aa in my protein, I could build 86 aa 


clearly.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>The intensity ststistics is attached in the message.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>J.X. QI</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>************************************************************************</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


Shell&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I/Sigma 


in resolution shells:<BR>&nbsp; Lower Upper&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; % of 


of reflections with I / Sigma less than<BR>&nbsp; limit 


limit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; &gt;20&nbsp; 


total<BR>&nbsp; 50.00&nbsp; 4.95&nbsp;&nbsp; 0.9&nbsp;&nbsp; 1.5&nbsp;&nbsp; 


1.9&nbsp;&nbsp; 2.4&nbsp;&nbsp; 2.8&nbsp;&nbsp; 4.0&nbsp;&nbsp; 9.5&nbsp; 


90.5&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 4.95&nbsp; 3.93&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 


0.2&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp; 0.8&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp; 


6.6&nbsp; 93.4&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 3.93&nbsp; 3.44&nbsp;&nbsp; 


0.2&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp; 0.6&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp; 2.5&nbsp;&nbsp; 


5.4&nbsp; 15.4&nbsp; 84.6&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 3.44&nbsp; 


3.12&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp; 


2.5&nbsp;&nbsp; 7.6&nbsp; 22.7&nbsp; 77.3&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 3.12&nbsp; 


2.90&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp; 2.1&nbsp;&nbsp; 3.2&nbsp;&nbsp; 


7.2&nbsp; 17.6&nbsp; 41.4&nbsp; 58.6&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 2.90&nbsp; 


2.73&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp; 3.2&nbsp;&nbsp; 


9.9&nbsp; 20.8&nbsp; 52.9&nbsp; 47.1&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 2.73&nbsp; 


2.59&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp; 1.4&nbsp;&nbsp; 2.9&nbsp;&nbsp; 5.7&nbsp; 


12.4&nbsp; 30.0&nbsp; 60.8&nbsp; 39.2&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 2.59&nbsp; 


2.48&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp; 1.6&nbsp;&nbsp; 4.7&nbsp;&nbsp; 7.7&nbsp; 


16.3&nbsp; 36.0&nbsp; 71.5&nbsp; 28.5&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 2.48&nbsp; 


2.38&nbsp;&nbsp; 0.6&nbsp;&nbsp; 2.1&nbsp;&nbsp; 5.0&nbsp; 10.2&nbsp; 21.9&nbsp; 


42.0&nbsp; 76.2&nbsp; 23.8&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;&nbsp; 2.38&nbsp; 


2.30&nbsp;&nbsp; 0.8&nbsp;&nbsp; 2.3&nbsp;&nbsp; 7.4&nbsp; 12.7&nbsp; 25.3&nbsp; 


49.4&nbsp; 83.4&nbsp; 16.6&nbsp; 100.0<BR>&nbsp;All 


hkl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4&nbsp;&nbsp; 1.1&nbsp;&nbsp; 


2.7&nbsp;&nbsp; 4.7&nbsp; 10.0&nbsp; 21.1&nbsp; 43.4&nbsp; 56.6&nbsp; 


100.0</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;Summary of reflections intensities and R-factors by 


shells<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R linear = SUM ( ABS(I - &lt;I&gt;)) / SUM 


(I)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R square = SUM ( (I - &lt;I&gt;) ** 2) / SUM (I 


** 2)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Chi**2&nbsp;&nbsp; = SUM ( (I - &lt;I&gt;) ** 


2) / (Error ** 2 * N / (N-1) ) )<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In all sums single 


measurements are excluded</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;Shell Lower Upper Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Norm. Linear 


Square<BR>&nbsp;limit&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


Angstrom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&nbsp;&nbsp; error&nbsp;&nbsp; 


stat. Chi**2&nbsp; R-fac&nbsp; R-fac<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


50.00&nbsp;&nbsp; 4.95&nbsp;&nbsp; 619.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


13.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.5&nbsp; 1.039&nbsp; 0.046&nbsp; 


0.050<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.95&nbsp;&nbsp; 3.93&nbsp;&nbsp; 


834.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.0&nbsp; 1.156&nbsp; 


0.048&nbsp; 0.052<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.93&nbsp;&nbsp; 


3.44&nbsp;&nbsp; 521.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.5&nbsp; 


1.026&nbsp; 0.059&nbsp; 0.062<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


3.44&nbsp;&nbsp; 3.12&nbsp;&nbsp; 333.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


11.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.1&nbsp; 1.073&nbsp; 0.071&nbsp; 


0.068<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.12&nbsp;&nbsp; 2.90&nbsp;&nbsp; 


172.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6&nbsp; 1.153&nbsp; 


0.098&nbsp; 0.096<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.90&nbsp;&nbsp; 


2.73&nbsp;&nbsp; 131.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


3.4&nbsp; 1.256&nbsp; 0.116&nbsp; 0.108<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


2.73&nbsp;&nbsp; 2.59&nbsp;&nbsp; 102.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


5.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.4&nbsp; 1.306&nbsp; 0.140&nbsp; 


0.130<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.59&nbsp;&nbsp; 


2.48&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


3.4&nbsp; 1.381&nbsp; 0.173&nbsp; 0.158<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


2.48&nbsp;&nbsp; 2.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


4.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.3&nbsp; 1.355&nbsp; 0.195&nbsp; 


0.177<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.38&nbsp;&nbsp; 


2.30&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


3.3&nbsp; 1.345&nbsp; 0.221&nbsp; 0.197<BR>&nbsp; All 


reflections&nbsp;&nbsp;&nbsp; 297.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


8.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.7&nbsp; 1.209&nbsp; 0.071&nbsp; 0.059</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Intensities of systematic 


absences<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; h&nbsp;&nbsp; k&nbsp;&nbsp; l&nbsp; 


Intensity&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sigma&nbsp;&nbsp; I/Sigma</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 


2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 


5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 


8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


2.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


7.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


2.2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 


11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


3.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.7<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


-2.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


-0.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 


14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


4.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


8.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1.6<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 


17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


4.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 


20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


4.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.9<BR>*********************************************************************</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><STRONG></STRONG>&nbsp;</DIV>


<DIV><STRONG></STRONG>&nbsp;</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>1. How do the intensity statistic look like?<BR>2. How did you choose 


P3121?<BR>3. Did you try solving and refining in P3?<BR>4. TLS?<BR>5. How 


complete is your model<BR><BR><BR><BR><BR><BR>2010/1/17 JXQI &lt;<A 


href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">jxqi at 


mail.im.ac.cn</A>&gt;:<BR>&gt;<I> Dear all,<BR></I>&gt;<I><BR></I>&gt;<I> I have 


a 2.3A data set processed with HKL2000. The space group is P3121 


with<BR></I>&gt;<I> 63% of solvent content and 1 molecule in the ASU. I used a 


40% homology<BR></I>&gt;<I> model to do molecular replacement. Both the Phaser 


and Molrep gave similar<BR></I>&gt;<I> solution with good packing. After further 


refinement with phenix, the built<BR></I>&gt;<I> model fit well with the 


2mFo-DFc map. However the R/Rfree were stuck to<BR></I>&gt;<I> 


0.34/0.38.<BR></I>&gt;<I><BR></I>&gt;<I> I rechedked the data set with xtriage 


and found the data set is merohedral<BR></I>&gt;<I> twinned (with twin 


law"-h,-k,l", the estimated twin fraction is about 0.05).<BR></I>&gt;<I> When I 


used the twin law in further refinement, the R/Rfree were only<BR></I>&gt;<I> 


decreased to 0.32/0.36. Any suggestions are appreciated, 


thanks!<BR></I>&gt;<I><BR></I>&gt;<I><BR></I>&gt;<I> J.X. QI<BR></I>&gt;<I> 


_______________________________________________<BR></I>&gt;<I> phenixbb mailing 


list<BR></I>&gt;<I> <A 


href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">phenixbb at 


phenix-online.org</A><BR></I>&gt;<I> <A 


href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</A><BR></I></DIV></BODY></HTML>