<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Georg,<br>
<br>
I think the refinement .log file should contain the lines like these
below:<br>
<br>
&nbsp; Warning: very small nonbonded interaction distances.<br>
&nbsp; Nonbonded interactions: 12604<br>
&nbsp; Sorted by model distance:<br>
&nbsp; nonbonded pdb=" CG&nbsp; ARG A&nbsp;&nbsp; 3 "<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb=" CG&nbsp; ARG A&nbsp;&nbsp; 4 "<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; model&nbsp;&nbsp; vdw<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000 3.840<br>
&nbsp; nonbonded pdb=" NE&nbsp; ARG A&nbsp;&nbsp; 3 "<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pdb=" NE&nbsp; ARG A&nbsp;&nbsp; 4 "<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; model&nbsp;&nbsp; vdw<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000 3.200<br>
<br>
which pinpoints you the offending atoms. <br>
<br>
Does this answer your question?<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
On 1/19/10 9:57 AM, Georg Mlynek wrote:
<blockquote
 cite="mid:001c01ca9930$dbbc2160$93346420$%25mlynek@univie.ac.at"
 type="cite">
  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; ">
  <meta name="Generator"
 content="MS Exchange Server version 08.00.0681.000">
  <title>clash guarde failure phenix coot</title>
<!-- Converted from text/rtf format -->
  <p dir="ltr"><span lang="de-at"></span><span lang="en-us"><font
 face="Consolas">Dear All,</font></span><span lang="de-at"></span><span
 lang="en-us"> </span></p>
  <p dir="ltr"><span lang="de-at"></span><span lang="en-us"><font
 face="Consolas">I&acute;m refining a 2.1A</font></span><span lang="de-at"></span><span
 lang="en-us"> <font face="Consolas">with phenix 1.5-2 and get</font></span><span
 lang="de-at"></span><span lang="en-us"> <font face="Consolas">when I
click on automatically add hydrogens to model</font></span><span
 lang="de-at"></span><span lang="en-us"> <font face="Consolas">following</font></span><span
 lang="de-at"></span><span lang="en-us"><font face="Consolas"> error
message:</font></span><span lang="de-at"></span><span lang="en-us"> <font
 face="Consolas">refinement</font></span><span lang="de-at"></span><span
 lang="en-us"><font face="Consolas">.</font></span><span lang="de-at"></span><span
 lang="en-us"><font face="Consolas">pdb_interpretation.clash_guard.failure:
Number of nonbonded interaction distances &lt;</font></span><span
 lang="de-at"></span><span lang="en-us"></span><span lang="de-at"></span><span
 lang="en-us"> <font face="Consolas">0.5:391</font></span><span
 lang="de-at"></span><span lang="en-us"></span></p>
  <p dir="ltr"><span lang="de-at"></span><span lang="en-us"></span></p>
  <p dir="ltr"><span lang="en-us"><font face="Consolas">I suppose that
this comes, because coo</font></span><span lang="de-at"></span><span
 lang="en-us"><font face="Consolas">t mixes up the hydrogens. </font></span></p>
</blockquote>
</body>
</html>