<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Roberto,<br>
<br>
I got your email a few days ago and forwarded it to Nat since a part of
the problem is likely to be related to the GUI somehow.<br>
<br>
I need to reproduce this problem to know why it hangs at weights
calculation step. This is the first time I see it.<br>
Can you send me the data and model and the exact command you used (or
sequence of clicks)? <br>
<br>
What happens if you run the same refinement from the command line?<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 2/10/10 11:13 PM, Roberto Steiner wrote:
<blockquote cite="mid:7D9F447E-BB72-43C1-97F9-ED71D132538F@kcl.ac.uk"
 type="cite">Hi there,
  <div><br>
  </div>
  <div>I would appreciate some feedback on the following:</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>I am playing around with phenix.refine which comes with Phenix
distro 1.6-289 for Mac-Intel. When running a normal refinement job</div>
  <div>(ind site + grouped ADPs + ncs+TorsionSimulatedAnnealing)
phenix.refine gets stuck after bulk solvent modelling and scaling.</div>
  <div>The last things I see in the log page are:</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">======================
bulk solvent modeling and scaling ======================</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal; min-height: 15px;"><br>
  </div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|--(resolution:
3.50 - 58.55 A; n_refl. = 55140)------------------------------|</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
r_work= 0.2687 &nbsp; r_free= 0.2800 &nbsp; ksol= 0.38 &nbsp; Bsol= 10.09 &nbsp; scale=
1.148 &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
overall anisotropic scale matrix (Cartesian basis;
B11,B22,B33,B12,B13,B23):|</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
(-2.67,-2.67,5.34,0.00,0.00,-0.00); trace/3= 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
maximum likelihood estimate for coordinate error: &nbsp; 0.41 A&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|
x-ray target function (ml) for work reflections: 7.216427 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; |</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">|-----------------------------------------------------------------------------|</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal; min-height: 15px;"><br>
  </div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">==========================
Target weights: x-ray data =========================</div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><br>
  </div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
  </span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
  </span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">and that's it. For
completeness, I must report that I changed the defaults of wxc_scale
and wxu_scale (but surely that cannot be the problem...).&nbsp;</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">Switching off the
TorsionSimAnnealing does not help.</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
  </span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="font-family: Helvetica; font-size: medium;">Additionally, if I
click on the abort button on the bottom-left of the page nothing
happens. On the other hand</span></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">if I click on the
abort icon at the top of the page I get the message</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">"You are not
currently running any calculations. Do you want to close this window?"</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">If I say Ok the
following message appears:</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">"There is at least
one process running; are you sure you want to exit before it is
finished"</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
  </span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">Other tasks
(phenix.xtriage for example) seem to run fine.&nbsp;</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
  </span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><span
 class="Apple-style-span"
 style="font-family: Helvetica; font-size: medium;">Any suggestion?</span></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
  </span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">Best</span></font></div>
  <div
 style="margin: 0px; font-family: Monaco; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 11px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;"><font
 class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">Roberto</span></font></div>
  </div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>