<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi there,<div><br></div><div>I would appreciate some feedback on the following:</div><div><br></div><div>I am playing around with phenix.refine which comes with Phenix distro 1.6-289 for Mac-Intel. When running a normal refinement job</div><div>(ind site + grouped ADPs + ncs+TorsionSimulatedAnnealing) phenix.refine gets stuck after bulk solvent modelling and scaling.</div><div>The last things I see in the log page are:</div><div><br></div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">====================== bulk solvent modeling and scaling ======================</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">|--(resolution: 3.50 - 58.55 A; n_refl. = 55140)------------------------------|</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| r_work= 0.2687 &nbsp; r_free= 0.2800 &nbsp; ksol= 0.38 &nbsp; Bsol= 10.09 &nbsp; scale= 1.148 &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| overall anisotropic scale matrix (Cartesian basis; B11,B22,B33,B12,B13,B23):|</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| (-2.67,-2.67,5.34,0.00,0.00,-0.00); trace/3= 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| maximum likelihood estimate for coordinate error: &nbsp; 0.41 A&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">| x-ray target function (ml) for work reflections: 7.216427 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">|-----------------------------------------------------------------------------|</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; ">========================== Target weights: x-ray data =========================</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">and that's it. For completeness, I must report that I changed the defaults of wxc_scale and wxu_scale (but surely that cannot be the problem...).&nbsp;</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">Switching off the TorsionSimAnnealing does not help.</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; ">Additionally, if I click on the abort button on the bottom-left of the page nothing happens. On the other hand</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">if I click on the abort icon at the top of the page I get the message</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">"You are not currently running any calculations. Do you want to close this window?"</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">If I say Ok the following message appears:</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">"There is at least one process running; are you sure you want to exit before it is finished"</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;">Other tasks (phenix.xtriage for example) seem to run fine.&nbsp;</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; ">Any suggestion?</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; "><br></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">Best</span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; "><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium; ">Roberto</span></font></div></div></body></html>