<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:x="urn:schemas-microsoft-com:office:excel" xmlns:p="urn:schemas-microsoft-com:office:powerpoint" xmlns:a="urn:schemas-microsoft-com:office:access" xmlns:dt="uuid:C2F41010-65B3-11d1-A29F-00AA00C14882" xmlns:s="uuid:BDC6E3F0-6DA3-11d1-A2A3-00AA00C14882" xmlns:rs="urn:schemas-microsoft-com:rowset" xmlns:z="#RowsetSchema" xmlns:b="urn:schemas-microsoft-com:office:publisher" xmlns:ss="urn:schemas-microsoft-com:office:spreadsheet" xmlns:c="urn:schemas-microsoft-com:office:component:spreadsheet" xmlns:odc="urn:schemas-microsoft-com:office:odc" xmlns:oa="urn:schemas-microsoft-com:office:activation" xmlns:html="http://www.w3.org/TR/REC-html40" xmlns:q="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" xmlns:rtc="http://microsoft.com/officenet/conferencing" xmlns:D="DAV:" xmlns:Repl="http://schemas.microsoft.com/repl/" xmlns:mt="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/meetings/" xmlns:x2="http://schemas.microsoft.com/office/excel/2003/xml" xmlns:ppda="http://www.passport.com/NameSpace.xsd" xmlns:ois="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/ois/" xmlns:dir="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/directory/" xmlns:ds="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#" xmlns:dsp="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/dsp" xmlns:udc="http://schemas.microsoft.com/data/udc" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:sub="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/2002/1/alerts/" xmlns:ec="http://www.w3.org/2001/04/xmlenc#" xmlns:sp="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/" xmlns:sps="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:udcs="http://schemas.microsoft.com/data/udc/soap" xmlns:udcxf="http://schemas.microsoft.com/data/udc/xmlfile" xmlns:udcp2p="http://schemas.microsoft.com/data/udc/parttopart" xmlns:wf="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/workflow/" xmlns:dsss="http://schemas.microsoft.com/office/2006/digsig-setup" xmlns:dssi="http://schemas.microsoft.com/office/2006/digsig" xmlns:mdssi="http://schemas.openxmlformats.org/package/2006/digital-signature" xmlns:mver="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns:mrels="http://schemas.openxmlformats.org/package/2006/relationships" xmlns:spwp="http://microsoft.com/sharepoint/webpartpages" xmlns:ex12t="http://schemas.microsoft.com/exchange/services/2006/types" xmlns:ex12m="http://schemas.microsoft.com/exchange/services/2006/messages" xmlns:pptsl="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/SlideLibrary/" xmlns:spsl="http://microsoft.com/webservices/SharePointPortalServer/PublishedLinksService" xmlns:Z="urn:schemas-microsoft-com:" xmlns:st="&#1;" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
span.HTMLPreformattedChar
        {mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted";
        font-family:Consolas;
        color:black;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body bgcolor=white lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Hi Pavel,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>if I understand Christina&#8217;s question correctly, she was stating
that when phenix.refine runs with riding hydrogens enabled using a pdb file,
which does not contain hydrogens, the final hydrogens are not written out. I
presume this is the case, since a phenix.reduce run is required to add hydrogens
prior to refinement, phenix.refine does not add hydrogens, correct? <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Cheers,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Carsten<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";
color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:
"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> phenixbb-bounces@phenix-online.org
[mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org] <b>On Behalf Of </b>Pavel Afonine<br>
<b>Sent:</b> Thursday, February 18, 2010 12:36 PM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] riding model and deposition<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Christina,<br>
<br>
if H atoms were used in refinement then they should not be removed from the
model you are going to PDB deposit. Post-refinement model manipulation is bad.
This makes the reported statistics irreproducible. The R-factor computed for a
model with and without H atoms is different. <br>
<br>
Different programs use different libraries of ideal X-H parameters (some put
them at longer &quot;neutron&quot; X-H distances, and some place at the
position where the electron cloud is expected - shorter X-H distance). The
B-factors of H atoms can be inherited from atoms they are bonded to or can be
multiplied by a scale from 1 to 1.5. There is a class of X-H geometries where
this position of H atoms is not unique: for example, C-O-H group in Tyrosine
residue, where H can rotate around C-O axis. Some programs optimize the
position of H atom to accommodate potential hydrogen bond and some doesn't. <br>
<br>
Destroying is always easier than building: removing existing hydrogens is a
matter of running one command :<br>
<br>
phenix.reduce -trim model.pdb &gt; model_noH.pdb<br>
<br>
and takes 1 or 2 seconds. However, to build the H atoms back the *exact* same
way they were before is not that straightforward. <br>
<br>
It's just counterintuitive why you need to manipulate the refined model for
which you have obtained all the statistics numbers? If you remove hydrogen
atoms then you need to update the statistics. By stripping off H atoms you will
get somewhat smaller file, but does the file size matter these days? &nbsp;<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 2/18/10 6:55 AM, Christina Bourne wrote: <o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>Alex, Pavel,<br>
In my experience when using a riding hydrogen model they are not included in
the output pdb file.&nbsp; It is only when they are added explicitly that they
are given output coordinates, which should of course be kept unchanged.&nbsp;
Can you please verify this??<br>
-Christina<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>

<hr size=1 width="100%" align=center>

</span></div>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Pavel Afonine <a
href="mailto:PAfonine@lbl.gov">&lt;PAfonine@lbl.gov&gt;</a><br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">&lt;phenixbb@phenix-online.org&gt;</a><br>
<b>Sent:</b> Wed, February 17, 2010 8:06:40 PM<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] riding model and deposition<br>
</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><br>
Hi Alex,<br>
<br>
&gt; I have refined a 1.3A structure using individual anisotropic B-factors
(Rfactor, 15.5%; Rfree, 17.7%). Additional use of the riding model during
refinement has improvement the R values (Rf, 14.5%; Rfree, 16.6%), <br>
<br>
this is not surprising at all -- hydrogens do contribute to the scattering.<br>
<br>
&gt; although bond length and angle outliers did increase (anyone know why that
would be?).<br>
&gt;&nbsp; <br>
<br>
Different model - slightly different Xray/Restraints weights - slightly
different statistics.<br>
<br>
&gt; I have decided to deposit the model obtained using the riding model, but
am unsure whether to include the hydrogen coordinates in the deposition.<br>
&gt;&nbsp; <br>
<br>
If H atoms were used in refinement and final statistics calculation (such as
R-factors, etc), then the H atoms have to be included into depositing model.
Otherwise your statistics will not be reproducible.<br>
<br>
&gt; The Phenix.refine documentation advises that they are left in, as they are
needed to reproduce the&nbsp; refinement statistics. However, reviewing the
high resolution structures in the PDB I found that:<br>
&gt;&nbsp; <br>
<br>
Reviewing statistics in the PDB you can find many interesting things, such as
Fobs labeled as Iobs (and Iobs labeled as Fobs), atoms with unknown scattering
types labeled X (which makes R-factor impossible to compute), O-H distances in
water longer than 10A, etc. one can go on for a long list.<br>
<br>
&gt; 1. In the case of structures refined using REFMAC or SHELX, the riding
model does not seem to be included, although its use during refinement is
mentioned in the pdb header.<br>
&gt;&nbsp; <br>
<br>
Which is, in my opinion, not good.<br>
<br>
&gt; 2. In the case of structures refined using PHENIX, use of the riding model
is sometimes indicated in the header, but hydrogen coordinates only appear to
be included in the pdb in the case of structures refined to a resolution better
than 1.3A.<br>
&gt;&nbsp; <br>
<br>
This most likely indicates a manipulation with a file contained refined model,
which is, again, in my opinion, not good.<br>
<br>
&gt; As far as I can understand the purpose of the riding model is to provide
additional restraints for refinement, so as long as its use is made evident in
the pdb header (and maybe the methods section of the publication) that should
be enough. Inclusion of hydrogens in the model, when you can't see them seems
inappropriate.<br>
&gt;&nbsp; <br>
<br>
Different programs use different libraries of ideal X-H parameters. Depending
on the program, the B-factors of H atoms can be inherited from atoms they are
bonded to or can be multiplied by a scale from 1 to 1.5. These all makes adding
H program-dependent, and therefore statistics from such models may vary.<br>
<br>
I believe that any manipulation on the refined structure is bad.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre style='text-align:center'>

<hr size=4 width="90%" align=center>

</pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre><pre>phenixbb mailing list<o:p></o:p></pre><pre><a
href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><o:p></o:p></pre><pre><a
href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><o:p></o:p></pre><pre>&nbsp; <o:p></o:p></pre></div>

</div>

</body>

</html>