Dear Georg,<br><br>Maybe you need to use quotation marks? I also have n-glycosylation and I in my .eff file there is:<br><br>}<br>apply_cif_link {<br>data_link = &quot;NAG-ASN&quot;<br>residue_selection_1 = &quot;chain A and resname NAG and resid XXX&quot;<br>
residue_selection_2 = &quot;chain A and resname ASN and resid XXX&quot;  <br>}<br><br>Hope this is useful. Please correct me if I am wrong.<br><br>Ling<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 24, 2010 at 1:13 PM, Georg Mlynek <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:georg.mlynek@univie.ac.at" target="_blank">georg.mlynek@univie.ac.at</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">








<div link="blue" vlink="purple" lang="DE-AT">

<div>

<p><span lang="EN-US">Dear All, </span></p>

<p><span lang="EN-US"> </span></p>

<p><span lang="EN-US">I´m quite new to crystallography and I´m
refining a structure with ASN-NAG-NAG-BMA attached and already got help from Blaine
who told me how to do it, but I´m making a small mistake somewhere and can´t
figure out what I´m doing wrong. Must be just one paranthesis or so, I guess.</span></p>

<p><span lang="EN-US">In command line just for testing I put:</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">phenix.refine
refine_data.mtz refine_1-coot-1FrenumberedGlu.pdb cif_link.params BMA.cif strategy=individual_sites+individual_adp
main.number_of_macro_cycles=2 --overwrite</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">where
I put in cif_link.params as suggested in the mailing list <a href="http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-November/002837.html" target="_blank">http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2009-November/002837.html</a>
with and without paranthesis at the beginning</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">} 
</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = NAG-ASN</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resid 500</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> 
     residue_selection_2 = chain A and resname ASN and resid 297</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
}</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = BETA1-4</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resid 500</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname NAG and resid 501</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
}</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = BETA1-4</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resid 501</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname BMA and resid 502</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
}</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = ALPHA1-3</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname BMA and resid 502</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname MAN and resid 503</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">and
suggested by Blaine with and without paranthesis at the beginning</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link
{</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = NAG-ASN</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resid 500</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname ASN and resid 297</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
}</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = BETA1-4</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resid 500</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname NAG and resid 501</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
}</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = BETA1-4</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> 
     residue_selection_1 = chain A and resname NAG and resid 501</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname BMA and resid 502</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
}</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">    
refinement.pdb_interpretation.apply_cif_link {</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
data_link = ALPHA1-3</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_1 = chain A and resname BMA and resid 502</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">      
residue_selection_2 = chain A and resname MAN and resid 503</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">I
see in the .geo file that the residues are not bonded, and also in the .eff
file that these lines are not added there, which should be done I guess, I put
the info also direct into the .def file but I get the same problem?</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">By
the way it shouldn´t matter which name I give to this file as long as the
extension is correct?</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US">Thank
you very much and all the best, Georg.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Consolas;" lang="EN-US"> </span></p>

<p><span lang="EN-US"> </span></p>

<p><span lang="EN-US"> </span></p>

<p><span lang="DE">-----Ursprüngliche Nachricht-----<br>
Von: <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>
[mailto:<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>] Im Auftrag von Ursula
Schulze-Gahmen<br>
Gesendet: Dienstag, 23. Februar 2010 19:20<br>
An: <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
Betreff: [phenixbb] weights optimization, add hydrogens</span></p>

<p> </p>

<p>I am refining a 2.0 A structure in Phenix using mostly
the graphical </p>

<p>interface. The maps are very good and the R factors are
low </p>

<p>(0.208/0.173). But the geometry is not so great with bond
deviations of </p>

<p>0.208 and Angle deviations of 1.85.  What is the best
thing to do to try </p>

<p>to improve the geometry. Should I try to optimize the
weights?</p>

<p> </p>

<p>The other question is about adding hydrogens to the
model. I did add </p>

<p>them in a previous refinement cycle. After rebuilding the
model in coot, </p>

<p>most of the model still has the hydrogens in the input
file for the next </p>

<p>refinement cycle, but some residues and waters don&#39;t have
hydrogens. </p>

<p>When I tried to add hydrogens again to the model, I got
an error message </p>

<p>about atoms being to close. Does Phenix know where to add
hydrogens if </p>

<p>the input model has already hydroegns on many residues?</p>

<p> </p>

<p> </p>

<p>Thanks</p>

<p> </p>

<p>Ursula</p>

<p> </p>

<p>-- </p>

<p>Ursula Schulze-Gahmen, PhD.</p>

<p>QB3, Tjian Lab</p>

<p>MCB, 16 Barker Hall #3204</p>

<p>University of California Berkeley</p>

<p>Berkeley, CA 94720-3204</p>

<p>Phone: (510) 642 8258</p>

<p><a href="mailto:uschulze-gahmen@lbl.gov" target="_blank">uschulze-gahmen@lbl.gov</a></p>

<p> </p>

<p> </p>

<p>_______________________________________________</p>

<p>phenixbb mailing list</p>

<p><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a></p>

<p><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a></p>

<p> </p>

</div>

</div>


<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>