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Dear Phenix Users,<br><br>I'm currently using version:<br>&nbsp;&nbsp; Version: 1.4<br>&nbsp;&nbsp; Release tag: 3<br>&nbsp;&nbsp; cctbx tag: 2008_12_07_1353<br>&nbsp;&nbsp; Platform: mac-intel-osx osx-10.5.6<br><br>I am working on characterising substrate/inhibitor interactions of a protein, the structure has been solved many times so its unit cell dimensions, contents (1 molecule per ASU) and space group (P3121) are well characterized.<br><br>However, I have recently encountered several crystals that appear exhibit merohedral twinning, and am having trouble converging the R-factors to reasonable levels. The details of one such data set is described below:<br><br>Diffraction to ~1.9A was recorded using a high and low resolution pass of 180� each. When processed with HKL2000 separately or together, Scalepack wanted to reject huge amounts of my data (~20%). I was forced to increase the error scale factor to 2 and&nbsp; adjust my error model to the very high R-factors of the low-resolution shells. The summary table from my final round of scalepack is:<br>Shell Lower Upper Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Norm. Linear Square<br>&nbsp;limit&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angstrom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&nbsp;&nbsp; error&nbsp;&nbsp; stat. Chi**2&nbsp; R-fac&nbsp; R-fac<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.00&nbsp;&nbsp; 4.09&nbsp; 7648.3&nbsp; 1498.7 182.7 1.030&nbsp; 0.376&nbsp; 0.424<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.09&nbsp;&nbsp; 3.25&nbsp; 3885.1&nbsp;&nbsp; 568.9&nbsp;&nbsp; 64.1&nbsp; 1.410&nbsp; 0.416&nbsp; 0.480<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.25&nbsp;&nbsp; 2.84&nbsp; 1609.7&nbsp;&nbsp; 225.0&nbsp;&nbsp; 26.1&nbsp; 1.227&nbsp; 0.451&nbsp; 0.517<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.84&nbsp;&nbsp; 2.58&nbsp;&nbsp; 807.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.3&nbsp; 1.958&nbsp; 0.439&nbsp; 0.561<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.58&nbsp;&nbsp; 2.39&nbsp;&nbsp; 496.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.0&nbsp; 1.060&nbsp; 0.257&nbsp; 0.268<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.39&nbsp;&nbsp; 2.25&nbsp;&nbsp; 335.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.1&nbsp; 0.717&nbsp; 0.275&nbsp; 0.238<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.25&nbsp;&nbsp; 2.14&nbsp;&nbsp; 221.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.4&nbsp; 2.389&nbsp; 0.354&nbsp; 0.298<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.14&nbsp;&nbsp; 2.05&nbsp;&nbsp; 143.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.5&nbsp; 1.537&nbsp; 0.459&nbsp; 0.351<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.05&nbsp;&nbsp; 1.97&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.1&nbsp; 1.079&nbsp; 0.663&nbsp; 0.480<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.97&nbsp;&nbsp; 1.90&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.7&nbsp; 1.073&nbsp; 0.990&nbsp; 0.696<br>&nbsp; All reflections&nbsp;&nbsp; 1588.3&nbsp;&nbsp; 269.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41.9&nbsp; 1.350&nbsp; 0.400&nbsp; 0.444<br><br>In addition, many systematic absences appear to be present:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Intensities of systematic absences<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; h&nbsp;&nbsp; k&nbsp;&nbsp; l&nbsp; Intensity&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sigma&nbsp;&nbsp; I/Sigma<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 177.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 255.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 264.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 595.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 164.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2343.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1289.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.8<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 321.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 238.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 76.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 394.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.8<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 650.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 179.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 199.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 953.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 372.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 192.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1038.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 405.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2303.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 897.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.6<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1622.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 516.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 154.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -25.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.7<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1<br><br><br><br>The data has an overall completeness of 99.7%.<br><br>When I run the data trough xtriage, it tells me:<br><br>Statistics depending on twin laws<br>-----------------------------------------------------------------<br>| Operator | type | R obs. | Britton alpha | H alpha | ML alpha |<br>-----------------------------------------------------------------<br>| -h,-k,l&nbsp; |&nbsp;&nbsp; M&nbsp; | 0.307&nbsp; | 0.301&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; | 0.256&nbsp;&nbsp; | 0.022&nbsp;&nbsp;&nbsp; |<br>-----------------------------------------------------------------<br><br>Patterson analyses<br>&nbsp; - Largest peak height&nbsp;&nbsp; : 5.288<br>&nbsp;&nbsp; (corresponding p value : 0.86552)<br><br><br>The largest off-origin peak in the Patterson function is 5.29% of the <br>height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected.<br><br>The results of the L-test indicate that the intensity statistics<br>are significantly different than is expected from good to reasonable,<br>untwinned data.<br>As there are twin laws possible given the crystal symmetry, twinning could<br>be the reason for the departure of the intensity statistics from normality.<br>It might be worthwhile carrying out refinement with a twin specific target function.<br><br>I also estimated the twin fraction with the following server:<br><br>http://nihserver.mbi.ucla.edu/Twinning/<br><br>And found it to about 20% (using data from 6-3A).<br><br>After phasing the data with rigid body refinement in Refmac with intensity based twin refinement (brings both R-factors to ~36%), I have tried doing a twin refinement with Phenix:<br><br>%phenix.refine model.pdb data.mtz twin_law="-h,-k,l" strategy=rigid_body+individual_sites+group_adp<br><br><br>The R_factors consistently diverge to the following values:<br><br>Final R-work = 0.3392, R-free = 0.4360<br><br>Simulated annealing/TLS/ordered solvent/messing with wxc/wxu weights does not seem to improve the situation. I have also tried this with and without prior detwinning with the CCP4 program "Detwin", with similar results.<br><br>Reindexing to -h,-k,l gives similar R-factors after rigid body refinement but after refinement with Phenix, things get even worse:<br>Final R-work = 0.3919, R-free = 0.5059<br><br>I was surprised to see that the fit to the map using both indexing conventions are comparable even though this should effectively reverse the hand of the structure. I assume this is because twin refinement is basically doing the job of "partial reindexing" on those parts of the lattice which are twinned?<br><br>I have been working on this for about a week now and can't for the life of me find a way forward. If anyone can offer any suggestions It would greatly be appreciated. Im slowly beginning to lose my sanity....<br><br>BTW I don't think my problems stem from misindexing, although the beam was wondering all over the place during this block of data collection, I have previously solved another structure at the same d and xbeam ybeam values without any trouble.<br><br>Sorry about the v.long post. Thought it would be better to give too much information rather than not enough =)<br><br>Many thanks for all your suggestions in advance and for everything I 

have learned from this community in the past. Cheers,<br><br>Joe<br>PhD student. <br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>&nbsp;<br><br><br><br><br><br><br>                                               <br /><hr />Download a free gift for your PC. <a href='http://experience.windows.com' target='_new'>Get personal with Windows.</a></body>

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