<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi,<br>
<br>
rigid body refinement does not employ any restraints. You can use
secondary structure restraints in refinement of individual coordinates.
<br>
<br>
Actually, you can use secondary structure restraints in constrained
rigid body refinement (SA in torsion angle space).<br>
<br>
To use secondary structure restraints:
"secondary_structure_restraints=true". phenix.refine GUI should have an
option for this too.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 4/7/10 4:38 PM, r n wrote:
<blockquote cite="mid:98656.55390.qm@web33302.mail.mud.yahoo.com"
 type="cite">
  <style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style>
  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">Hi<br>
I wanted to do low resolution rigid body refinement with secondary
structural restrain. I have not seen<br>
any command or information in the phenix document? <br>
any help<br>
Thanks<br>
ram<font face="Tahoma" size="2"><b><span style="font-weight: bold;"></span></b><b><span
 style="font-weight: bold;"></span></b><br>
  <br>
  </font><br>
  </div>
<!-- cg11.c1.mail.mud.yahoo.com compressed/chunked Wed Apr  7 16:24:07 PDT 2010 -->
  <input id="gwProxy" type="hidden"><!--Session data--><input
 onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"></div>
  <br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>