<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Sena&nbsp;<div><br></div><div><br></div><div>So is your question related to how autobuild build (or didnt build) your chain?&nbsp;</div><div>Do the maps support the chain? Perhaps you can just simply build it manually to solve your structure?</div><div><br></div><div>I've had issues building nucleic acids with phenix.autosol for a different reason and rather just build it by hand.</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>F</div><div><br></div><div><div><div><div>On Apr 12, 2010, at 4:13 PM, Rajagopalan, Senapathy wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div> <font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Hi,<br> <br> What I meant was phenix is able to build one of the strands longer than the other strand (but neither of them complete). And whether I ask phenix to build protein or DNA, often times the part of the protein is in the DNA region and vice versa. &nbsp;The space group is P212121 and no NCS is found. <br> <br> Thanks<br> Sena<br> <br> On 4/12/10 2:18 PM, "Francis E Reyes" &lt;<a href="Francis.Reyes@colorado.edu">Francis.Reyes@colorado.edu</a>&gt; wrote:<br> <br> </span></font><blockquote><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">The strangest part of your request is that you can fit one side of a double helix. You expect the complementary side (W-C pair) right? <br> <br> What's the space group? Is it one of the cursed space groups? <a href="http://www.ccp4.ac.uk/dist/html/twinning.html#likely_operators">http://www.ccp4.ac.uk/dist/html/twinning.html#likely_operators</a> <br> What are the moments of intensities of your dataset as reported by xtriage?<br> <br> Did the self rotations indicate NCS to relate the dimer in your asymmetric unit? How much of the asu can you build currently? If a lot, does a 2fo-fc map with your model indicate the other complementary strand?<br> <br> In my experience, &nbsp;removal of heavy atom sites won't account for a particular feature of your electron density missing, it'll deteriorate the entire map indiscriminately. <br> <br> F<br> <br> <br> <br> On Apr 12, 2010, at 3:08 PM, Rajagopalan, Senapathy wrote:<br> <br> </span></font><blockquote><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"> Hi Everyone,<br> &nbsp;<br> &nbsp;I have been trying to solve a structure of a protein-DNA complex using SAD data, but am running into problems and have some questions on how phenix solves it. From Mathews coefficient calculation, I know that my protein binds to the DNA as a dimer in the asymmetric unit. And when I use this information to specify the the number of heavy atoms to look for, I always get more (1.5-2X, depending on what resolution cutoff I use) in the final heavy atom sites pdb file. More importantly, the map looks ‘incomplete’ in the sense that part of one of the strands in the double stranded DNA is missing. My question is if this is the result of phenix using some incorrect sites (such as with low occupancy) while phasing. If so, then how can I fix it. I have tried deleting the low occupancy sites and reading the edited heavy atom sites file explicitly using sites_file=ha.pdb, but it doesn’t seem to help. <br> &nbsp;Also, if I just use solve to find the heavy atom sites, those tend to be different too... Any suggestions here would be appreciated.<br> &nbsp;<br> &nbsp;Thanks<br> &nbsp;Sena<br> &nbsp;<br> &nbsp;&nbsp;<br> <br> <hr align="CENTER" size="1" width="100%"><br> <br> <br> &nbsp;</span></font><span style="font-size:11pt"><font face="Times New Roman">Methodist. Leading Medicine. </font><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"> <br> <br> <b> Recognized by U.S.News &amp; World Report as an "Honor Roll" hospital<br> &nbsp;Named to FORTUNE magazine's "100 Best Companies to Work For" list for five years in a row<br> &nbsp;Designated as a Magnet hospital for excellence in nursing<br> &nbsp;Visit us at <font color="#0000FF"> methodisthealth.com &lt;<a href="http://www.methodisthealth.com/">http://www.methodisthealth.com/</a>&gt; <br> </font></b>Follow us at <font color="#0000FF"> twitter.com/MethodistHosp &lt;<a href="http://twitter.com/MethodistHosp">http://twitter.com/MethodistHosp</a>&gt; </font> and &nbsp;<font color="#0000FF"> </font></font></span><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><font color="#0000FF"><font size="2"><span style="font-size:10pt"> facebook.com/methodisthospital</span></font><span style="font-size:11pt"> &lt;<a href="http://www.facebook.com/methodisthospital">http://www.facebook.com/methodisthospital</a>&gt; <br> </span></font><span style="font-size:11pt"> </span></font><span style="font-size:11pt"><font face="Times New Roman"> <br> &nbsp;<br> </font><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><br> </font><font face="Times New Roman">***CONFIDENTIALITY NOTICE*** &nbsp;<br> &nbsp;This e-mail is the property of The Methodist Hospital and/or its relevant affiliates and may contain restricted and privileged material for the sole use of the intended recipient(s). Any review, use, distribution or disclosure by others is strictly prohibited. If you are not the intended recipient (or authorized to receive for the recipient), please contact the sender and delete all copies of the message. Thank you. <br> </font><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><br> <br> &nbsp;<br> &nbsp;&nbsp;_______________________________________________<br> phenixbb mailing list<br> <a href="phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br> <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br> </font></span></blockquote><span style="font-size:11pt"><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><br> <br> </font></span></blockquote> <br clear="all"><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><hr size="1"><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><p><br> <font face="Times New Roman">Methodist. Leading Medicine. </font> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><strong> <span style="font-weight:normal">Recognized by U.S.News &amp; World Report as an "Honor Roll" hospital</span></strong></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><strong> <span style="font-weight:normal">Named to FORTUNE magazine's "100 Best Companies to Work For" list for five years in a row</span></strong><b><br> </b><strong><span style="font-weight:normal">Designated as a Magnet hospital for excellence in nursing</span></strong></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><strong> <span style="font-weight:normal">Visit us at <a style="color: blue; text-decoration: underline; text-underline: single" href="http://www.methodisthealth.com/"> methodisthealth.com</a></span></strong></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Follow us at <a title="blocked::http://twitter.com/MethodistHosp http://twitter.com/MethodistHosp" style="color: blue; text-decoration: underline; text-underline: single" href="http://twitter.com/MethodistHosp"> twitter.com/MethodistHosp</a> and <span style="font-size: 11.0pt; font-family: Calibri,sans-serif"> <a style="color: blue; text-decoration: underline; text-underline: single" href="http://www.facebook.com/methodisthospital"> <span style="font-size:10.0pt; font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> facebook.com/methodisthospital</span></a></span></div> <font face="Times New Roman"> <br> </font><p><font face="Times New Roman">***CONFIDENTIALITY NOTICE***  <br> This e-mail is the property of The Methodist Hospital and/or its relevant affiliates and may contain restricted and privileged material for the sole use of the intended recipient(s). Any review, use, distribution or disclosure by others is strictly prohibited. If you are not the intended recipient (or authorized to receive for the recipient), please contact the sender and delete all copies of the message. Thank you. </font></p><div><br class="webkit-block-placeholder"></div> </div>  _______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote></div><br></div></div></body></html>