<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=GB2312">
<STYLE>BLOCKQUOTE {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px; MARGIN-LEFT: 2em
}
OL {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
UL {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
</STYLE>

<META content="MSHTML 6.00.6000.17023" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY style="MARGIN: 10px"><FONT face=Verdana size=2>
<DIV>Hello</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>when I use phenix.refine to refine&nbsp;my structure, the rmsd's 
of&nbsp;bonds and angles are </DIV>
<DIV>pretty large. My data is 2.3 A resolution.&nbsp; </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>REMARK<BR>REMARK ******************** REFINEMENT SUMMARY: QUICK FACTS 
*******************<BR>REMARK Start: r_work = 0.2838 r_free = 0.2789 bonds = 
0.029 angles = 2.002<BR>REMARK Final: r_work = 0.2407 r_free = 0.2466 bonds = 
0.029 angles = 2.002<BR>REMARK 
************************************************************************<BR>REMARK<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I tried many options but none worked so far. Here are the options&nbsp;that 
I tried:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>phenix.refine mtz_file&nbsp;pdb_file strategy=tls 
tls_group_selections.params&nbsp;wxc_scale=0.3 wxu_scale=0.8</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>phenix.refine mtz_file&nbsp;pdb_file strategy=tls 
tls_group_selections.params&nbsp;fix_wxc=0.3 fix_wxu=0.8&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>phenix.refine mtz_file&nbsp;pdb_file strategy=tls 
tls_group_selections.params&nbsp;fix_wxc=0.3 fix_wxu=0.8 optimize_wxc=false 
optimize_wxu=false</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>These gave the same refinement results. Any suggestions?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Rongjin Guan </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;</DIV></FONT></BODY></HTML>