<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7654.12">
<TITLE>Real Space Refinement with marginal data</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Hi,</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">I was wondering if anyone had experience/advice for real space refinement with phenix using marginal data to 3A.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">I just did a run (SA, real-space refinement</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> against diff_map</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">, 2 fold NCS, grouped APD</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">, fix_rotamers enabled</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">)</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">were the resulting structure showed lots of disconnected sidechains and some broken main chains.</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">I am just repeating the run w/o real space refinement,</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"> may be the combination of SA and real space refinement was a bit harsh,</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us">&nbsp;<FONT FACE="Calibri"> but am wondering what kind of parameters make most sense to tweak in order to avoid</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"> <FONT FACE="Calibri">having the mole</FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">cules fall apart.</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri">Cheers</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT FACE="Calibri">Carsten</FONT></SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"><FONT FACE="Calibri"></FONT></SPAN><SPAN LANG="en-us">&nbsp;</SPAN></P>

<P DIR=LTR><SPAN LANG="en-us"></SPAN></P>

</BODY>
</HTML>