<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=x-gbk" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Rongjin,<br>
<br>
<blockquote cite="mid:tencent_1624BFEB0958D80A6DE5DAD2@qq.com"
 type="cite">
  <div>
  <div><font face="" size="2"><font face="Times New Roman"><font
 size="3">can you show me how to select some residues that are excluded
from refinement?</font></font></font></div>
  <div>&nbsp;</div>
  <div><font face="" size="2"><font face="Times New Roman"><font
 size="3">You suggested this earlier but I did not know how to do it. I
looked through the</font></font></font></div>
  <div><font face="" size="2"><font face="Times New Roman"><font
 size="3">manual and I can see how to select a chain, but do not know
how to select some residues</font></font></font><font
 face="Times New Roman">. </font></div>
  </div>
</blockquote>
<br>
see phenix.refine Documentation web page:<br>
<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/documentation/refinement.htm">http://www.phenix-online.org/documentation/refinement.htm</a><br>
<br>
then click on "Atom selection examples". For example:<br>
<br>
phenix.refine model.pdb data.mtz refine.sites.individual="chain A and
resseq 23:36"<br>
<br>
will refine coordinates of atoms in chain A belonging to residues from
23 to 36. The coordinates of all other atoms will be unchanged. You can
be more specific and specify atoms names, chemical element types,
alternative conformation identifiers and so on.<br>
<br>
The above page contains many other examples of atom selection syntax.<br>
<br>
If you still having trouble with this, please tell me in plain English
(or Russian -;) ) what you want to select and I will return you the
corresponding atom selection string.<br>
<br>
All the best!<br>
Pavel.<br>
</body>
</html>