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<BODY>


<DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2><FONT face="Times New Roman"><FONT size=3>Hi 


Pavel</FONT></FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2><FONT face="Times New Roman"><FONT 


size=3></FONT></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2><FONT face="Times New Roman"><FONT size=3>Thanks for 


your suggestion. I have another question:</FONT></FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">I am refining another 3.3 A resolution 


structure. In coot I manually adjusted the model</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">to have &gt;95% residues in&nbsp;preferred 


region in ramanchandran plot, but after refinement&nbsp;&nbsp;</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">in Phenix only </FONT><FONT 


face="Times New Roman">&lt;80% residues in the preferred region and a lot more 


in the outlier region.</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">This was wen I used the default refinement 


parameters "phenix.refine mtz_file pdb_file".</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">R and R_free are 0.22/0.27 in this case. 


</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">Then when I used "phenix.refine mtz_file 


pdb_file wxc_scale=0.1 wxu_scale=0.3", I can </FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">get better results in terms of ramanchandran 


plot (say, ~92% in preferred region, and a</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">little more in the outlier). <FONT 


face="Times New Roman">R and R_free factors&nbsp;are 


0.25/0.30.</FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">I guess at low resolution (like in my case, 


3.3 A) I have to give more weights to geometry </FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">restrains. Did I do it in the right way, or 


did I missing anything?</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">Thanks</FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman"></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman">Rongjin Guan </FONT></DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2><FONT face="Times New Roman"><FONT 


size=3></FONT></FONT></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2><FONT face="Times New Roman"><FONT 


size=3></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT face=ثخجه size=2></FONT>&nbsp;</DIV></FONT></FONT>


<DIV><FONT size=2><FONT face="Times New Roman"><FONT color=#666666>= = = = = = = 


= <FONT color=#000000>On </FONT></FONT>2010-04-13&nbsp;16:42:21&nbsp;You 


wrote&nbsp;<FONT color=#666666>= = = = = = = = </FONT></FONT></FONT></DIV>


<DIV><FONT face="Times New Roman" size=2>


<TABLE width="100%">


  <TBODY>


  <TR>


    <TD width="100%">


      <BLOCKQUOTE 


      style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">Hi 


        Rongjin,<BR>&nbsp; 


        <BLOCKQUOTE cite=mid:201004131728171257643@foxmail.com 


          type="cite"><FONT face=Verdana size=2>


          <DIV>when I use phenix.refine to refine&nbsp;my structure, the rmsd's 


          of&nbsp;bonds and angles are </DIV>


          <DIV>pretty large. My data is 2.3 A resolution.&nbsp; </DIV>


          <DIV>&nbsp;</DIV>


          <DIV>REMARK<BR>REMARK ******************** REFINEMENT SUMMARY: QUICK 


          FACTS *******************<BR>REMARK Start: r_work = 0.2838 r_free = 


          0.2789 bonds = 0.029 angles = 2.002<BR>REMARK Final: r_work = 0.2407 


          r_free = 0.2466 bonds = 0.029 angles = 2.002<BR>REMARK 


          ************************************************************************<BR>REMARK<BR></DIV></FONT></BLOCKQUOTE><BR>really 


        (just wondering)? <BR>What I would be really worry is the difference 


        between Rfree and Rwork, which apparently is terribly small, indicating 


        that there is something wrong with either free-R flags or refinement 


        strategy.<BR><BR>


        <BLOCKQUOTE cite=mid:201004131728171257643@foxmail.com 


          type="cite"><FONT face=Verdana size=2>


          <DIV>I tried many options but none worked so far. Here are the 


          options&nbsp;that I tried:</DIV>


          <DIV>&nbsp;</DIV>


          <DIV>phenix.refine mtz_file&nbsp;pdb_file strategy=tls 


          tls_group_selections.params&nbsp;wxc_scale=0.3 wxu_scale=0.8</DIV>


          <DIV>&nbsp;</DIV>


          <DIV>phenix.refine mtz_file&nbsp;pdb_file strategy=tls 


          tls_group_selections.params&nbsp;fix_wxc=0.3 fix_wxu=0.8&nbsp;</DIV>


          <DIV>&nbsp;</DIV>


          <DIV>phenix.refine mtz_file&nbsp;pdb_file strategy=tls 


          tls_group_selections.params&nbsp;fix_wxc=0.3 fix_wxu=0.8 


          optimize_wxc=false optimize_wxu=false</DIV>


          <DIV>&nbsp;</DIV>


          <DIV>These gave the same refinement results. Any 


          suggestions?</DIV></FONT></BLOCKQUOTE><BR>It's not surprising, because 


        in all refinements above you did not refine the coordinates at all. The 


        keyword "strategy=tls" means you refined B-factors only (more precisely, 


        you did constrained anisotropic refinement, called TLS refinement). And 


        therefore using wxc_scale or fix_wxc or&nbsp; optimize_wxc would not 


        make any difference. Also, optimize_wxc is set to False by default, so 


        you don't need to explicitly say it.<BR><BR>I would run it like 


        this:<BR><BR>phenix.refine mtz_file pdb_file 


        strategy=tls+individual_adp+individual_sites tls_group_selections.params 


        optimize_wxc=true<BR><BR>and hope that this fixes the 


        "problem".<BR><BR>Let me know if you have any 


        questions!<BR>Pavel.<BR><BR></BLOCKQUOTE></TD></TR></TBODY></TABLE></FONT></DIV></DIV></BODY></HTML>