<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>On Apr 19, 2010, at 11:50 AM, Nathaniel Echols wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">On Mon, Apr 19, 2010 at 8:50 AM, Engin �zkan<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:eozkan@stanford.edu">eozkan@stanford.edu</a>&gt;</span><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">I should say that I have never worked with DNA in crystal structures, and due to its structure, it might be better suited to parameterization that allows accurate rigid bodies. I just don't know.</blockquote><div><br></div><div>I'm not a nucleic acid crystallographer either, but aren't the helices (especially A-form) significantly more flexible than, say, a protein alpha-helix (or entire globular domain)?</div></div></span></blockquote><div><br></div>Let's be clear on what is meant by 'flexible'. In solution,&nbsp;&nbsp;A-form RNA helicies are generally not flexible. They're fairly rigid in solution and that can be observed by many of inline probing experiments.&nbsp;<br></div><div><br></div><div>Now let's talk about flexibility during refinement. Without restraining the bases with some kind of strict geometry weight, or in the case of the OP, specifically restraining <b>coplanar</b> <b>base pairing for canonical watson crick pairing</b>, depending on the quality of the phases, I've seen phenix.refine and refmac pull bases that we know to be base paired in an A-form helix out of the 'coplanar base pair' orientation. If I were solving an RNA from scratch, I'd know apriori that this is a true base pair, and it's almost offensive that a refinement program would say otherwise.&nbsp;It's not drastic, but any RNA/DNA structural biologist will look at your structure and clearly see that there's something wrong with the geometry. &nbsp; While it maybe a minor nuisance to correct this manually, I can only wonder how it affects the refinement.&nbsp;</div><div><br></div><div>F</div><div><br></div><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>---------------------------------------------<br>Francis Reyes M.Sc.<br>215 UCB<br>University of Colorado at Boulder<br><br>gpg --keyserver pgp.mit.edu --recv-keys 67BA8D5D<br><br>8AE2 F2F4 90F7 9640 28BC &nbsp;686F 78FD 6669 67BA 8D5D</div></div></span> </div><br></body></html>