<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Kelly,<br>
<br>
- where is the peak: at atomic center, near it and looks like a bunch
of concentric spheres? Then it might be a results of Fourier truncation
ripples; check this out where I reply to a similar post:<br>
<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://proteincrystallography.org/ccp4bb/message14290.html">http://proteincrystallography.org/ccp4bb/message14290.html</a><br>
<br>
- did you try to refined f' and f'' of your heavy atom? Actually, I see
you did (looking at .log file);<br>
<br>
- did you try to refine its occupancy and anisotropic ADP?<br>
<br>
If you send me (to my email address, not to the whole phenixbb) the
data and model files, as well as the parameter file and exact command
you used, I will have a look.<br>
<br>
Pavel.<br>
<br>
<br>
On 4/22/10 6:38 AM, Kelly Daughtry wrote:
<blockquote
 cite="mid:k2j480329b21004220638v8cec2c28k964614364f570cb7@mail.gmail.com"
 type="cite">Hello all,
  <div>I have just used phenix autosol and autobuild to phase and build
an&nbsp;initial&nbsp;model of my structure with phase information from Tungsten
(W), collected at the peak wavelength of 1.2134 Angstroms.</div>
  <div>Autosol works beautifully! I was able to perform W-SAD and get
great maps, when I initially thought I would have to perform W-MAD!</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>The problem I am having is during phenix.refine.</div>
  <div>When I run the refinement (with and without refining the group
anomalous) and including my experimental phases, I see a giant negative
peak in the Fo-Fc map at the location of my Tungsten. The rest of the
map is beautiful. <br>
In the log file, I can tell that the scattering factor is high for
tungsten (see below).<br>
  <br>
I believe the negative density is telling me I have too many electrons
present at the tungsten site.<br>
  <br>
Can anyone help me figure out what I am doing wrong? <br>
I have attached my latest log file.<br>
  </div>
  <div><br>
  </div>
  <div>&nbsp;----------X-ray scattering dictionary----------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
  <br>
Number of scattering types: 7<br>
&nbsp; Type Number&nbsp;&nbsp;&nbsp; sf(0)&nbsp;&nbsp; Gaussians<br>
&nbsp;&nbsp; W&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73.70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; Se&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; Mg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 462&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 343&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1326&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
&nbsp; sf(0) = scattering factor at diffraction angle 0.<br>
  <br>
========================== Anomalous scatterer groups
=========================<br>
  <br>
Anomalous scatterer group:<br>
&nbsp; Selection: "name W"<br>
&nbsp; Number of selected scatterers: 1<br>
&nbsp; f_prime:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.87<br>
&nbsp; f_double_prime: 17.72<br>
&nbsp; refine: f_double_prime<br>
  <br>
Total number of atoms in anomalous groups: 1<br>
  <br clear="all">
*******************************************************<br>
Kelly Daughtry<br>
PhD Candidate<br>
Department of Physiology and Biophysics<br>
Boston University School of Medicine<br>
590 Commonwealth Ave<br>
R 390<br>
Boston MA, 02215<br>
(P) 617-358-5548<br>
*******************************************************<br>
  </div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
  </pre>
</blockquote>
</body>
</html>