<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
You can optimise the geometry with eLBOW.&nbsp; One of the most frequent
problems is the quality of the input.&nbsp; The better chemical
representation of the molecule, the better eLBOW will work. GIGO.<br>
<br>
If you are able, send me the input file directly and I'll help you with
the optimisation.<br>
<br>
Nigel<br>
<br>
On 4/27/10 11:09 AM, r n wrote:
<blockquote cite="mid:828898.65636.qm@web33304.mail.mud.yahoo.com"
 type="cite">
  <style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style>
  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;">
  <div>Hi all<br>
  <br>
I do have crystal structure of my ligand and trying to optimise the
geometry using phenix.elbow.<br>
It entirely rotate one of the ring bond to other side and in result of
breaking the ring geometry.<br>
Ring contain sulphur and other heavy metal.<br>
  <br>
Is it any way to optimize with current geometry in phenix.elbow so that
it wont ruin the molecule?<br>
Thanks<br>
ram<br>
  <br>
  </div>
  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12pt;"><br>
  <div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 13px;"><br>
  </div>
  </div>
  </div>
  <br>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
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  </pre>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Nigel W. Moriarty
Building 64R0246B, Physical Biosciences Division
Lawrence Berkeley National Laboratory
Berkeley, CA 94720-8235
Phone : 510-486-5709     Email : <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:NWMoriarty@LBL.gov">NWMoriarty@LBL.gov</a>
Fax   : 510-486-5909     Web   : CCI.LBL.gov</pre>
</body>
</html>