On Tue, Jun 15, 2010 at 4:03 PM, Francis E Reyes <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Francis.Reyes@colorado.edu">Francis.Reyes@colorado.edu</a>&gt;</span> wrote:<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Using the model to find the heavy atom sites and then calculating phases on those sites (without model) might help. ( I believe phenix will output a phase combined map (model + experimental phases)).<br></blockquote><div>
<br></div><div>Correct, this is the default behavior if you provide a model directly to AutoSol (or Phaser). �There is however a semi-automatic way to use the model phases to find sites without biasing the experimental map; see the documentation here:</div>
<div><br></div><div><a href="https://www.phenix-online.org/version_docs/1.6.2-432/autosol.htm#anch126">https://www.phenix-online.org/version_docs/1.6.2-432/autosol.htm#anch126</a></div><div><br></div><div>(The AutoBuild step is optional - you could just look at the density-modified map after AutoSol is done.)</div>
<div><br></div><div>-Nat</div></div>