<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">hi,<br>i&nbsp; am having trouble with simulated annealing and have finally got it <br>down to a test case that only takes 10 minutes to fail.<br>&nbsp;<br>using supplied phenix examples&nbsp; 1rxf.mtz&nbsp; and&nbsp; 1rxf_randomise.pdb <br>i can run the following command and it fails <br>in phenix1.6.2&nbsp; but not in phenix1.5-2<br><br>the error is:&nbsp; <br>RuntimeError: Bond distance &gt; max_reasonable_bond_distance: 52.1931 &gt; 50<br><br>command line arguments:<br><br>phenix.refine 1rxf.mtz&nbsp; \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1rxf_randomise.pdb wxc_scale=0.5 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; write_geo_file=False xray_data.low_resolution=60 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; disulfide_distance_cutoff=2.4
 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; discard_psi_phi=False \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xray_data.high_resolution=5 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; strategy=individual_sites \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; interleaved_minimization.number_of_iterations=2 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; main.simulated_annealing=true \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; simulated_annealing.start_temperature=550000 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; simulated_annealing.cool_rate=450000 \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --overwrite \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --show-process-info \<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; junk_cast2.log<br><br>should i stick with
 1.5 for simulated annealing?<br>thanks<br>jpd<br><br><br></td></tr></table>