I thought you initially do not add waters until you have a reasonable density fit with the protein molecules. Is it ok to update waters right from the begining starting from an MR solution?<br>Ivan<br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Jul 19, 2010 at 6:41 AM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im">On Mon, Jul 19, 2010 at 6:15 AM, Hermella Woldemdihin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hermifi@yahoo.com" target="_blank">hermifi@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><div class="im">
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;"><div>I am new to phenix.refine. I&#39;m using the graphical interface.<br>I hav processed my dfiffraction data and used Phaser MR for molecular replacement.<br>


And I goyt a result: a solution pdb file and the associated mtz file.<br>1. So I use the mtz file from this Phaser MR solution or the original file from my data<br>processing in phenix.refine?<br></div></div></div></blockquote>


<div><br></div></div><div>The original file. �I think Phaser outputs anisotropy-corrected data, and it may be at reduced resolution depending on how you run it.</div><div class="im"><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


<div><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;"><div>2. I have set parameters for phenix.refine like this:<br>Is there other settings for the parameter which I should do for a better result?<br>
PDB data: my solution from Phaser MR<br>

XRAY DATA= ????<br>Simulated Annealing=1000<br>Update waters<br>Refine Target weights: Wxc=0.8 Wxu=1.6<br>Cycles=5<br>Fix rotamers<br>Fix bad side chains<br></div>
</div></div></blockquote></div></div><br><div>Unless you&#39;ve already run refinement with this dataset and are confident about the weights, I would not set wxc and wxu initially; automatic weight optimization is a better place to start. �Otherwise, which refinement settings are most appropriate depends on the resolution and starting R-free. �As Frederic points out, rigid-body refinement may be a good idea at this stage. �(By the way, you list both &quot;Fix rotamers&quot; and &quot;Fix bad side chains&quot;, but these are the same thing - unless I mislabeled something in the GUI...)</div>


<div><br></div><div>-Nat</div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br>