The same problem shows up when I use the new function phenix.phase_and_build (version 1.6.3).<div><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 22, 2010 at 10:01 AM, J J <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:phenix.upitt@gmail.com">phenix.upitt@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><span style="font-family:Times;font-size:medium"><pre>Dear All,</pre><pre>Facts:
-input: a sequence file, a pdb model file, an mtz file; the sequence file is
the same as the pdb model except that the sequence file has 6 more residues
at N-terminal; the pdb model is almost the same as my protein structure.</pre><pre>(In a word, I just want to add a few more residues to the current pdb model.�Of course I can do it in coot by manually placing residues at the N-terminal, but why not autobuild?)    </pre>

<pre>-problem: the output chain sequence is not the same as the sequence file
(not the same as the input model file either). It misses some residues at
the N-terminal and it adds some residues at the C-terminal (but disconnected
from the C-terminal). Is it normal in autobuild? How to correct it?

Thanks.

Jason

U Pitt</pre></span>
</blockquote></div><br></div>