<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">One disadvantage of using UNK is that it is often a loss of information. For example in the case Phil mentions...we do think that we have a polypeptide. &nbsp;By labelling protein residues UNK we no longer distinguish them from DNA, or depending on HETATM vs ATOM identification, from ligands.<div>-Tom T</div><div><br><div><div>On Jul 28, 2010, at 4:01 PM, Phil Evans wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>UNK residues have another valid use where you can see peptide but not assign a sequence register. A poly-Ala model in that case is better labelled UNK than ALA, since it isn't ALA<br><br>Phil <br><br><br>On 28 Jul 2010, at 19:12, Pavel Afonine wrote:<br><br><blockquote type="cite">Dear Ed,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I think it is very important to be able to include unknown atoms<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">in a deposited pdb file (with echoing the caveat about flooding<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">the structure with UNK's to lower the R-factor).<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">yes, as I wrote in original reply, including these atoms may improve the map and in turn may reveal or improve some its other important (biologically) places. The only point is: please define these dummy atoms properly, providing all the information, such as scattering element type that you or your program used for such an approximation.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">For one thing, these structures are produced not just for structure-factor<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">calculation and validation. Many of the end users will never even<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">bother to do a structure factor calculation.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">The ability to reproduce the R-factor is not only for someones pleasure but for the validation purposes at least. If I've got a PDB file for which I can't compute the R-factors (and, by the way, even the map too), then I don't need the deposited Fobs too, unless I'm going to re-determine the structure from scratch.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">It important for the<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">depositor to be able to refer to an unknown but likely significant<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">ligand and for the reader to be able to go and look at that position<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">(ideally surrounded by electron density).<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Sure, it is important.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">For another thing, the structure factor calculation will give exactly<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">the same result whether the dummy atoms are omitted or are flagged<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">with zero occupancy or atom-type X to be ignored in sf calculation.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">If you look in PDB you will find that very often the occupancies are not set up to 1. Plus, as I mentioned, often the B-factors for these atoms are set to some funny numbers (looks like they were refined).<br></blockquote><blockquote type="cite">Are we sure that these programs were ignoring these dummies in Fcalc calculations? If so how the B-factor were refined, or they were made up?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Again, if it is defined properly, for example, like this:<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">ATOM &nbsp;&nbsp;1959 &nbsp;O &nbsp;&nbsp;DUM A &nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-8.762 &nbsp;&nbsp;8.060 &nbsp;25.324 &nbsp;1.00 31.23 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">or<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">ATOM &nbsp;&nbsp;1959 &nbsp;O &nbsp;&nbsp;UNK A &nbsp;&nbsp;1 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-8.762 &nbsp;&nbsp;8.060 &nbsp;25.324 &nbsp;1.00 31.23 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">then it is absolutely OK to have such entries, because it is completely defined and can be used in any calculations without any unnecessary guesswork. But if you start masking things with X or blanks then I (and the software I write) will start asking all these nasty questions...<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">All the best!<br></blockquote><blockquote type="cite">Pavel.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">phenixbb mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br></blockquote><br>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></body></html>