<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Typical R-factors for structures at around 1.45A are:<br>
    <br>
    phenix.r_factor_statistics 1.45<br>
    <br>
    Histogram of Rwork for models in PDB at resolution 1.35-1.55 A:<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.092 - 0.122&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 40<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.122 - 0.152&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 344<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.152 - 0.183&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 743<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.183 - 0.213&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 722&nbsp; &lt;&lt;&lt; your structure<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.213 - 0.243&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 206<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.243 - 0.273&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 18<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.273 - 0.303&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 3<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.303 - 0.334&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.334 - 0.364&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 1<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.364 - 0.394&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 1<br>
    Histogram of Rfree for models in PDB at resolution 1.35-1.55 A:<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.113 - 0.148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 18<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.148 - 0.183&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 333<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.183 - 0.217&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 982<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.217 - 0.252&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 607&nbsp; &lt;&lt;&lt; your structure<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.252 - 0.287&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 125<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.287 - 0.322&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 10<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.322 - 0.357&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 1<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.357 - 0.391&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.391 - 0.426&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 0<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.426 - 0.461&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 2<br>
    Histogram of Rfree-Rwork for all model in PDB at resolution
    1.35-1.55 A:<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.001 - 0.011&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 82<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.011 - 0.020&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 476<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.020 - 0.030&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 666 &lt;&lt;&lt; your structure<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.030 - 0.040&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 381<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.040 - 0.050&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 246<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.050 - 0.059&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 121<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.059 - 0.069&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 70<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.069 - 0.079&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 26<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.079 - 0.088&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 4<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.088 - 0.098&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : 6<br>
    Number of structures considered: 2078<br>
    <br>
    So, your R-factors look quite normal given the resolution.<br>
    <br>
    Regarding Wilson vs Average B-factors, here is the statistics over
    PDB:<br>
    <br>
    <small><font face="Courier New, Courier, monospace">Resolution_range&nbsp;&nbsp;
Wilson_B&nbsp;&nbsp;
        Average_B&nbsp; Number_of_structures<br>
        &nbsp; 0.00 -&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.77&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94<br>
        &nbsp; 1.00 -&nbsp;&nbsp; 1.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 401<br>
        &nbsp; 1.25 -&nbsp;&nbsp; 1.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1050<br>
        &nbsp; 1.50 -&nbsp;&nbsp; 1.75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.76&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3600<br>
        &nbsp; 1.75 -&nbsp;&nbsp; 2.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5510<br>
        &nbsp; 2.25 -&nbsp;&nbsp; 2.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3385<br>
        &nbsp; 2.50 -&nbsp;&nbsp; 2.75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43.71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44.73&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2844<br>
        &nbsp; 2.75 -&nbsp;&nbsp; 3.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53.86&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1628<br>
        &nbsp; 3.00 -&nbsp;&nbsp; 3.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60.76&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 780<br>
        &nbsp; 3.25 -&nbsp;&nbsp; 3.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 81.69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 165<br>
        &nbsp; 3.50 -&nbsp;&nbsp; 3.75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92.67&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88.84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100<br>
        &nbsp; 3.75 -&nbsp;&nbsp; 4.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 111.83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 102.29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30<br>
      </font></small><br>
    (*) Wilson_B is computed using phenix.model_vs_data<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average_B is computed using phenix.model_vs_data from PDB file
    (TLS is accounted for)<br>
    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structures selected such that the recomputed R-factor matches
    the
    one in PDB file header within 1%.<br>
    <br>
    As you see, your B-factors are quite high. Should you worry about
    it? I don't know. If everything else is done right and look good (as
    good as R-factors), then no, otherwise I would think what might be
    the cause for this. Although it's interesting to know why this
    happens. I will probably look at the histogram of Wilson B and
    average B around this resolution to see what people had in the past.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
    On 8/3/10 10:48 PM, Peter Zwart wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=Qi4ym5Vuez6p5=vPYuujhSyxvS0zDiEaFzanc@mail.gmail.com"
      type="cite">If you did use aniso B and are stuck at 19.8% for a
      'true' 1.45 A data set, I suspect that something might be off ....
      <div><br>
      </div>
      <div>did you check possibilities for twinning?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>did you optimize weights properly?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>P</div>
      <div><br>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
          <div><br>
          </div>
          <div><br>
            <br>
            <div class="gmail_quote">2010/8/3 Geoffrey Feld <span
                dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:gkfeld@berkeley.edu">gkfeld@berkeley.edu</a>&gt;</span><br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
                0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
                padding-left: 1ex;">Dear PhenixBBers,<br>
                <br>
                I'm working on a 1.45 A structure I solved using MR
                (phaser) and I'm pretty close to finishing, just
                plopping in waters and fixing rotamers. Rw = 19.8 Rfree=
                22.8. I am a little concerned because my Wilson B is
                27.00 while my average B for macromolecule is more like
                43, and for solvent is 48. I have enough data to use
                anisotropic ADP refinement, which was a big help in
                bringing down the Rfree, but the average B hasn't really
                moved much. Should I be concerned about this? Should I
                try adjusting the wxu, or some other parameter? <br>
                <br>
                Thanks!<br>
                <font color="#888888">-- <br>
                  Geoffrey K. Feld<br>
                  <br>
                  Department of Chemistry<br>
                  492 Stanley Hall<br>
                  University of California, Berkeley<br>
                  <br>
                  "Vigilia pretium libertatis"<br>
                </font><br>
                _______________________________________________<br>
                phenixbb mailing list<br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
                <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb"
                  target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
                <br>
              </blockquote>
            </div>
            <br>
            <br clear="all">
            <br>
            -- <br>
-----------------------------------------------------------------<br>
            P.H. Zwart<br>
            Research Scientist<br>
            Berkeley Center for Structural Biology<br>
            Lawrence Berkeley National Laboratories<br>
            1 Cyclotron Road, Berkeley, CA-94703, USA<br>
            Cell: 510 289 9246<br>
            BCSB:&nbsp; &nbsp; &nbsp; <a moz-do-not-send="true"
              href="http://bcsb.als.lbl.gov">http://bcsb.als.lbl.gov</a><br>
            PHENIX:&nbsp;&nbsp; <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.phenix-online.org">http://www.phenix-online.org</a><br>
            SASTBX:&nbsp; <a moz-do-not-send="true"
              href="http://sastbx.als.lbl.gov">http://sastbx.als.lbl.gov</a><br>
-----------------------------------------------------------------<br>
          </div>
        </div>
      </div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>