<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-15"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Kay,<br>
    <br>
    0) I guess by FC you actually mean Fmodel, see page #6 here<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.phenix-online.org/presentations/latest/pavel_refinement_general.pdf">http://www.phenix-online.org/presentations/latest/pavel_refinement_general.pdf</a><br>
    <br>
    1) <br>
    you can ask phenix.refine to output Fcalc, Fmodel, Fbulk, FOM,
    alpha, beta, TestFlags, Fobs� etc...<br>
    <br>
    Example that does just this (after bulk solvent correction and
    anisotropic scaling):<br>
    <br>
    phenix.refine model.pdb data.mtz strategy=none
    main.number_of_macro_cycles=1 export_final_f_model=mtz<br>
    <br>
    or� <br>
    <br>
    phenix.refine model.pdb data.mtz strategy=none
    main.number_of_macro_cycles=1 export_final_f_model=mtz<br>
    <br>
    2) I will add detailed R-factor statistics output as part of
    phenix.model_vs_data tool.<br>
    <br>
    3) phenix.refine chooses the amount of resolution bins based on
    availability of free-R flags (so each relatively thin resolution
    shell receives not less then ~150 test reflections). By the way,
    "150" or so is the parameter that you can change. Apart from
    cosmetics (the amount of output bins) this will influence the
    refinement too. <br>
    <br>
    Let me know what exactly you are trying to achieve and I will think
    how we can accommodate it in available tools.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 8/4/10 10:22 AM, Kay Diederichs wrote:
    <blockquote cite="mid:4C59A1C0.9050505@uni-konstanz.de" type="cite">Hi,
      <br>
      <br>
      is there a way to get the R-factor statistics from phenix.refine,
      for a specific resolution range, e.g. 2.5-2.6A ? The reason I ask
      is that I would like to specify the same resolution range as the
      data reduction program does.
      <br>
      <br>
      I tried with
      <br>
      phenix.reflection_statistics x_map_coeffs.mtz x_data.mtz
      --low-resolution=2.6 --resolution=2.5
      <br>
      <br>
      but with the default settings, phenix.refine writes 2FOFCWT and
      FOFCWT, but not FC . So it looks like I have to re-run
      phenix.refine and make it write out FC? Or is it easier to run
      phenix.xmanip for that purpose?
      <br>
      <br>
      thanks,
      <br>
      <br>
      Kay
      <br>
      <br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>