Thanks for the suggestion and your time. I will check the refrences provided!!<br><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Aug 10, 2010 at 12:52 AM, Maia Cherney <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chern@ualberta.ca">chern@ualberta.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">To determine the oligomeric state of a protein (monomer or dimer in your case), it&#39;s useful to use the PISA server. You upload your pdb file from the crystal structure.The server calculates the areas of interfaces (buried area) and �deltaG (change in Gibbs energy) upon oligomer dissociation. (E. Krissinel and K. Henrick (2007). /Inference of macromolecular assemblies from crystalline state/. J. Mol. Biol. *372*, 774--797 . E. Krissinel and K. Henrick (2005). /Detection of Protein Assemblies in Crystals/. In: M.R. Berthold /et.al./ (Eds.): CompLife 2005, LNBI 3695, pp. 163--174 &lt;<a href="http://dx.doi.org/10.1007/11560500_15" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1007/11560500_15</a>&gt;. E. Krissinel (2009). /Crystal contacts as nature&#39;s docking solutions/. J. Comp. Chem., in press; published on-line 6 May 2009; DOI 10.1002/jcc.21303}<br>
If the interface area (divided by 2 per one protomer) is greater than 1000 A^2 and delta G is more than 5kcal/mol (the higher the better), it&#39;s a dimer. However, don&#39;t forget that most dimers can dissociate into monomers upon dilution. There is a dynamic equilibrium between dimers (oligomers) and monomers that depends on their concentration and the Kdiss.<br>
Separating them in any method will disturb this equilibrium. If the re-equilibration time is greater than the separation time, you can see both monomers and dimers. You can even roughly calculate the dissociation constant:<br>
<br>Kdiss=[monomer]^2/[dimer] where brackets mean concentrations. To give you an estimate, at Kdiss=10(-3)M, you have roughly equal concentration of dimers and monomers at 10-3 M and only 10% dimers at 10-4 M. Sometimes, protein needs to dissociate easily for the biological function.<br>
<br>Maia<br><br><br><br>intekhab alam wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<div></div>
<div class="h5">Hi everyone<br>Sorry for some non specific query!!!!!<br>�i am working with a protein that shows a dimer in the crystal structure but when i tried to figure out that with standard molecular markers in gel filteration (superdex-200, 24ml column) it turned out to be a monnomer. Native gel analysis after incubating the protein at 20 degree, 37 degree showed more dimer at 20 degree celcius as compared to 37. I tried similar strategy in gel filteration by incubating my protein at various temperature,where a lot of precipitation was observed at 37 degree celcius and after removing the precipitates i run the gel filteration that has 0.5 ml higher elution volume as compared to samples incubated at 20 degree celcius and 4 degree celcius.( Is this significant)<br>
Furthermore i have done some experiments in cold room (4 degree) where the elution volume is stuck at a point irrespective of the conditions (as Flow rate, concentration of protein etc) and that is higher than that of the room temperature by 1 ml.<br>
Standard moleculr weight markers also show higher elution volume �in cold room in comparison to the room temperature by 1 ml.<br>�I will be highly obliged if someone suggest some literature �or any otherway to do gel filtrtaion so that i can clearly resolve this issue. Also let me know if there is some literature available on effect of temperature on the elution volume of proteins.<br>
�Thanks in advance<br><br>-- <br>INTEKHAB ALAM<br>LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br></div></div>------------------------------------------------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
�<br></blockquote>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>INTEKHAB ALAM<br>LABORATORY OF STRUCTURAL BIOINFORMATICS<br>KOREA UNIVERSITY, SEOUL<br>