<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Hermi,<div>Is it possible that the names of your ligands are the same (e.g., "LIG")? If that is the case, you may be able to solve the problem just by renaming one of them. If that isn't it, I'll be happy to have a look if you want to send the 2 ligand PDB files.</div><div>All the best,</div><div>Tom T</div><div><br><div><div>On Aug 10, 2010, at 7:58 AM, Hermella Woldemdihin wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:10pt"><div>Hi!<br><br>I was trying to fit my ligands into my model and density. And I have successfully fitted 2 ligands (same molecule) but my 3rd ligand is different molecule.<br>After fitting my 3rd ligand (with COOT) and merged it with my protein, II created a restraint file with:<br><br>&nbsp; phenix.elbow my_model_coot-0..pdb --do-all --output=all_ligands<br><br>It created all_ligand.cif, which I used for in my next refinement with Phenix (GUI). I supplied my density, model and the restraint file and run phenix.refine.<br>Unfortunatate I'm getting this error message when it starts to run phenix.refine and opening COOT window:<br>                                     <ul><ul><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">Sorry:                 Fatal problems interpreting PDB file: </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">Number                 of atoms with unknown nonbonded energy type symbols: 1 </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">Please                 edit the PDB file to resolve the problems and/or supply a </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">CIF                 file with matching restraint definitions, along with </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">apply_cif_modification                 and apply_cif_link parameter definitions </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">if                 necessary (see phenix.refine documentation). </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">Also                 note that phenix.elbow is available to create restraint </span></font></font></tt></font></font></p><p style="margin-bottom: 0in; font-weight: normal;" align="JUSTIFY"><tt class="western"><span style="text-decoration: none;">                  </span></tt><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 8pt;" size="1"><tt class="western"><font face="Liberation Serif, serif"><font style="font-size: 10pt;" size="2"><span style="text-decoration: none;">definitions                 for unknown ligands. </span></font></font></tt></font></font></p></ul></ul> <br>I have use the same procedure for fitting my first 2 ligands. and it worked. But this time it failed!<br>What do you think I should do?<br><br><br>Thanks<br>Hermi<br><br><br></div> </div><br>       </div>_______________________________________________<br>phenixbb mailing list<br><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><div><div><div><br>Thomas C. Terwilliger<br>Mail Stop M888<br>Los Alamos National Laboratory<br>Los Alamos, NM 87545<br><br>Tel:&nbsp; 505-667-0072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email: <a href="mailto:terwilliger@LANL.gov">terwilliger@LANL.gov</a><br>Fax: 505-665-3024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOLVE web site:&nbsp;<a href="http://solve.lanl.gov">http://solve.lanl.gov</a><br>PHENIX web site: http:<a href="http://www.phenix-online.org">www.phenix-online.org</a><br>ISFI Integrated Center for Structure and Function Innovation web&nbsp;site:&nbsp;<a href="http://techcenter.mbi.ucla.edu">http://techcenter.mbi.ucla.edu</a><br>TB Structural Genomics Consortium web site:&nbsp;<a href="http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB">http://www.doe-mbi.ucla.edu/TB</a></div><div>CBSS Center for Bio-Security Science web site: <a href="http://www.lanl.gov/cbss">http://www.lanl.gov/cbss</a><br><br></div></div></div></div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></body></html>