Hi Ralf, <br><br>Indeed some bond length or angle restraint outliers are from the ligand when refining with phenix.<br>However I don&#39;t think this is the problem, I give to refmac and phenix the same ligand dictionary (cif file from ProDRG with link definition added with JLigand). Refmac / phenix give me the following outliers &gt;4 sigma : bond length 0 / 6, bond angle 0 / 23, dihedral 23 / 13, chiral 0 / 0, plan 3 /13. Clearly phenix is not doing a good job (R decrease, but not Rfree). <br>
For refmac I&#39;m using an x-ray weighting term (matrix) of 0.8, which is more or less expected for 1.3A resolution. <br>I don&#39;t really know how to fix the weights in phenix as I never used it before and did not find any hint in the manual or bb.<br>
<br>Lionel<br><br><br><br><div class="gmail_quote">2010/8/12 Ralf W. Grosse-Kunstleve <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rwgk@cci.lbl.gov">rwgk@cci.lbl.gov</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Lionel,<br>
<div class="im"><br>
&gt; wxc_scale (from default 0.5 downto 0.015), �wxu_scale (from default 1 down<br>
&gt; to 0.03), wc (from default 1 up to 8), with and without optimising wxc wxu.<br>
&gt; Whatever the parameters, phenix never reached final rmsd better than 0.022<br>
&gt; and 2.2.<br>
<br>
</div>The first thing I&#39;d check is the phenix.refine log with the list<br>
of worst restraints. Look for &quot;Sorted by residual&quot;. Without<br>
having seen your structure, my first suspect would be problems<br>
with the ligand restraints or the covalent link to the protein.<br>
<br>
Ralf<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br>