On Fri, Aug 13, 2010 at 10:20 AM, Lionel Costenaro <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lcocri@ibmb.csic.es">lcocri@ibmb.csic.es</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

So hydrogens were not added (find_and_add_hydrogens = False) and none was in the input pdb, but refined as riding (hydrogens.refine=riding), solvent was not updated (ordered_solvent = False) -there is already 510 waters almost all well defined.<br>



To my knowledge, parameters were fine (including refining riding hydrogens) except maybe for the anisotropy of waters for which Pavel recommend isotropy at this resolution.<br></blockquote><div><br></div><div>This is a common point of confusion, especially for people used to REFMAC. �The &quot;riding&quot; model only specifies how existing hydrogen atoms</div>

<div>should be treated; it does not actually model hydrogens in those positions if they are not present in the input file. �So if there weren&#39;t any hydrogens in the input file, it was being refined hydrogen-free. To actually place the hydrogens, you need to click the box labeled &quot;Automatically add hydrogens to model&quot;, which will run phenix.ready_set to place the new atoms. �The find_and_add_hydrogens�option is more specialized anyway and should be left alone unless you are working at ultra-high resolution or doing neutron crystallography.</div>

<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">- bond outlier� CAD - OAC�� model 1.26 - ideal: ProDRG single 1.36,�� readyset deloc 1.30,�� eLBOW deloc 1.429,�� smiles deloc 1.269<br>

- bond outlier� CBC - OBD�� model 1.30 - ideal: ProDRG deloc� 1.23,�� readyset double 1.23,�� eLBOW aromatic 1.768,�� smiles double 1.234<br>

- angle outlier CAG CAF CAD�� model 99 - ideal: ProDRG 111,�� readyset 117,�� eLBOW 109, � smiles 117<br>- dihedral outlier CBC NBB CAY CAZ�� model 2.2 - ideal: ProDRG 180,�� readyset 131.66,�� eLBOW 62.5,�� smiles 68<br>


<br>It seems to me that chemistry clearly depends on the software used, amazing.<br></blockquote><div><br></div><div>This shouldn&#39;t be a huge surprise - the programs use different methods to specify (or guess) molecule parameters, some of which are more effective than others, and different approximations when optimizing the geometry, most of which are optimized for speed rather than theoretical rigor (unless you are running quantum chemical calculations like the AM1 optimization in eLBOW). �As a general rule, it is very difficult to accurately guess the chemistry of a molecule based on a PDB file alone; I suspect that CIFs may have similar problems, but Nigel can clarify.</div>

<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Which method to obtain a &quot;correct&quot; ligand and link definition from scratch should I use?<br>
</blockquote>
<div><br></div><div>I think the correct answer is: use eLBOW with a SMILES string for the ligand, then run ready_set to generate the link, but be sure to supply the CIF file for your ligand to ready_set (instead of letting ready_set create one from scratch based on coordinates). �I need to double-check what the GUI returns in a situation like this, because I have not tested this particular case. �However, if ready_set tries to make a new CIF with just ligand restraints (*not* the link information), you probably want to ignore that, and keep the rest of the output files. �Feel free to email me if you have difficulty running it. �(And as mentioned before, you should definitely update to the newest version, because the behavior of some programs has changed, and the eLBOW GUI is relatively new anyway.)</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div>