<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Andrew,<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:39AF62D77705A347AEAE4226BC2DFF43147B33C66D@MBXC.exchange.cornell.edu"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31,
            73, 125);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for the helpful comments.&nbsp;
            Do both phenix.model_vs_data and
            phenix.real_space_correlation produce the same values for CC
            that phenix.refine uses to keep/remove waters when the
            ordered solvent routine is used?</span></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    yes, they should. They use the same code - that's the joy of having
    libraries: multiple applications can re-use the same core routines.
    <br>
    <span style="font-size: 11pt; font-family:
      &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31, 73,
      125);"><o:p>&nbsp;</o:p></span>
    <blockquote
cite="mid:39AF62D77705A347AEAE4226BC2DFF43147B33C66D@MBXC.exchange.cornell.edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31,
            73, 125);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Also, are the default 2mFo-DFc
            and mFo-DFc map coefficients output by phenix.refine (in the
            &#8220;_maps_coeffs.mtz&#8221; file) the same coefficients used by
            phenix.refine during the ordered solvent checking?</span></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    This I would need to check since I don't remember. As I hope all
    phenix.refine users know, by default phenix.refine writes out two
    2mFo-DFc maps (one is using original Fobs set, and one using Fobs
    set where missing Fobs are filled with DFc), and one mFo-DFc map.
    Most likely, for water picking phenix.refine uses the one 2mFo-DFc
    map that uses original set of Fobs.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:39AF62D77705A347AEAE4226BC2DFF43147B33C66D@MBXC.exchange.cornell.edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31,
            73, 125);">&nbsp; Specifically, does phenix.refine use &#8220;filled&#8221;
            maps for ordered solvent checking?</span></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Unlikely.<br>
    <span style="font-size: 11pt; font-family:
      &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31, 73,
      125);"><o:p>&nbsp;</o:p></span>
    <blockquote
cite="mid:39AF62D77705A347AEAE4226BC2DFF43147B33C66D@MBXC.exchange.cornell.edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31,
            73, 125);">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If you haven&#8217;t guessed, I am
            thinking of a way to intelligently pick values for the
            ordered solvent parameters such as primary_map_cutoff,
            poor_cc_threshold and poor_map_threshold. </span></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Yes, I kind of figured this out... -:) Although I'm wondering why
    you are not happy with the default settings which are supposed to be
    good enough most of the time?<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:39AF62D77705A347AEAE4226BC2DFF43147B33C66D@MBXC.exchange.cornell.edu"
      type="cite">
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            &quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;; color: rgb(31,
            73, 125);">My idea is to first run a quick round of
            refinement with generous ordered solvent parameters &nbsp;so that
            I get a model that is somewhat overpopulated with
            automatically-picked waters.&nbsp; Then I can manually inspect
            the mFobs-DFmodel and 2mFobs-DFmodel maps (i.e. primary and
            secondary maps) and the CC values in order to decide where
            to select appropriate cutoffs to limit addition of spurious
            waters for a given model/dataset, which will differ based on
            map quality, resolution, etc.&nbsp; So obviously I want to
            calculate CC values and maps in the same way phenix.refine
            would to judge waters so that I can &#8220;see what phenix sees&#8221;
            in this regard.</span><br>
        </p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I see. I think you are on the right track to achieve this. Depending
    how generous you are setting the water selection criteria you can
    get as many waters as you want. This is not always bad (as many
    typically think) but just emulates some earlier versions of ARP idea
    which is in the end is pretty successful. That is: modeling some
    density peaks that you cant interpret in terms o your model right
    now with "dummy waters" may improve the overall map quality which
    might be helpful.<br>
    <br>
    Pavel.<br>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>